Post Doctoral Fellowship at NIMR

Division of Systems Biology
Reference: NIMR09/585

Computational analysis of vertebrate cis-regulatory sequences

We are offering a 3 year Career Development Fellowship (CDF) which is a training and development position for post-doctoral scientists. Applicants will have recently completed their doctoral studies, are moving into a new research discipline, have limited previous experience of key transferable skills, or are clinically qualified with little or no research experience. A CDF will provide opportunities to develop research project skills and collaborative links with colleagues within the Institute and elsewhere.

The post holder will be expected to use computational approaches to identify and characterise patterns and grammar within existing and novel sets of cis-regulatory sequences, and develop generic models that will describe those patterns and allow prediction of function. The post holder will work alongside and collaborate with experimental biologists.

Applicants will possess a PhD or equivalent in bioinformatics or computational biology, with experience in the manipulation and analysis of large sets of DNA sequences. Experience of working with databases and programming (e.g. perl) in a Unix environment is also essential. A good working knowledge of motif analysis in DNA sequences is desirable.

Salary range is from £27,091 – £32,827 per annum inclusive of London Allowance. MRC final salary Pension Scheme is available.

Situated in Mill Hill, North West London, NIMR is the largest MRC institute, supporting some 70 research groups and 500 bench scientists. The Institute provides excellent training for researchers in a multi-disciplinary environment and is equipped with state of the art facilities. http://www.nimr.mrc.ac.uk/employment/

Informal enquiries can be made to: Dr Greg Elgar, email: G.Elgar@qmul.ac.uk and 020 7882 3049.

If you would like to receive this advert in large print, Braille, audio, or electronic format/ hard copy, please contact the Recruitment team at the MRC Shared Service Centre on the telephone number below or recruitment@ssc.mrc.ac.uk

Applications, along with a full CV & Covering letter, should be made online at http://jobs.mrc.ac.uk. If you do not have internet access or you experience technical difficulties please call 01793 301260 quoting reference NIMR09/585.

The closing date is: 8 December 2009
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Greg Elgar PhD
Reader in Functional Genomics
School of Biological and Chemical Sciences
Queen Mary, University of London
Mile End Road, London E1 4NS

http://www.sbcs.qmul.ac.uk/people/greg_elgar.shtml

http://www2.sbcs.qmul.ac.uk/staff/greg_elgar

http://www.biology.qmul.ac.uk/research/staff/elgar/index.htm

http://fugu.biology.qmul.ac.uk

http://condor.fugu.biology.qmul.ac.uk/

Stelle für eine(n) Bioinformatiker(in) in Paris:

Requirements

• Master level (or more)
• Strong experience and knowledge in the analysis of high throughput genetic data and in
sequence analysis
• Solid formation in informatics and bioinformatics
• Good level in programming (R and a lower-level language like C or Perl) is required
• Some knowledge of molecular biology and genetics is not mandatory but would be
appreciated
• Excellent communication skills and team spirit, and a capacity to work in autonomy are
essential.

PDF mit mehr Informationen angehängt
NGS_Paris_bioInfo-081009

http://www.embl.de/aboutus/jobs/jobs_embl_ebi_hinxton/2009/w_09_067_ebi/index.html

EBI is looking for a Computational Biologist / Bioinformatician to to
work on a variety of tasks for ENGAGE and other related projects.

The Max Planck Institute for Molecular Genetics in Berlin, Department Prof.
Lehrach, group PD Dr. Bodo M.H. Lange invites applications for the following open position, available in the BMBF funded project “MUTANOM” initially running until 31. May 2011 with the possibility of renewal:
Bioinformatician (TVöD salary level 13)

Mehr Informationen: Bioinformatician_MPIMG_Berlin

conhIT 2009 holt im April die wichtigen Akteure in die Bundeshauptstadt

Es ist schon ein Meisterstück, das den Veranstaltern in Berlin gelungen ist: Die vielfach geforderte zeitliche Trennung von Kongress bzw. Akademie und Industrieausstellung, die Einbindung praxisnaher Veranstaltungen führender Fachorganisationen und eine Ausstellerliste, die nach den Wirren der letzten Zeit und trotz der Sparmaßnahmen in der Anbieterlandschaft beachtlich ist. Jetzt müssen nur noch die Krankenhausvertreter ihre Reiseanträge unterzeichnet bekommen.

Doch genau dieser Aspekt – mit seiner Schlüsselfunktion für einen nachhaltigen Erfolg der neuen Struktur – sieht vielversprechend aus. Reisebudgets sind zwar knapp, und die Fahrt zur Spree ist für die meisten Teilnehmer aufwändig; das geballte Informationsangebot mit Deckung durch die Verbände gibt den IT-Leitern jedoch allzu gute Argumente an die Hand.

Bedeutung der IT weiter ansteigend

In den Führungsetagen setzt sich nämlich zunehmend das Verständnis durch, dass IT für zahlreiche Facetten des Geschäfts mit der Gesundheit unabdinglich – und neueste Trendinformationen hierzu geschäftskritisch ist. „So setzen etwa Morbi-RSA-orientierte Kodierung und Selektivverträge IT voraus“, wie Jens Naumann im Rahmen der kürzlichen conhIT-Presserunde erläuterte. Allgemein vollzieht sich im Markt nach der Etablierung von KIS und anderer Primärsysteme jetzt laut dem VHitG-Vorsitzenden – der zugleich im conhIT-Präsidium sitzt – eine Vertiefung der Applikationen, etwa bei der Dokumentation und Prozessführung.

Die wichtigsten IT-Anwendungsgebiete

Neben dem Prozessmanagement – mit Data Warehousing – zählen zu den strategischen Anwendungsgebieten der IT nach Angaben von Prof. Dr. Klaus Kuhn die Vermeidung von Fehlern des Personals – auch in Deutschland ein zunehmend in der Öffentlichkeit wahrgenommenes Problem – und die sektorenübergreifende „Continuity of care“. Derlei Themen haben in das umfangreiche Kongressprogramm mit seiner Vielzahl bekannter Köpfe Eingang gefunden. Auch das persönliche Gesundheitsmanagement der Patienten, in Deutschland insbesondere von den Kostenträger vorangetrieben, findet auf der Agenda seinen Platz; die translationale Bioinformatik – laut Prof. Kuhn ein viertes Aktionsgebiet zukunftsorientierter IT – mit dem Ziel der personalisierten Therapie wird die GMDS wohl eher auf ihrer wissenschaftlichen Herbstveranstaltung debattieren. Mit der Industrie bei der conhIT zusammenzugehen, lag für den GMDS-Präsidenten auf der Hand: Die Auseinandersetzung mit konkret im Markt verfügbaren Werkzeugen spielt eine entscheidende Rolle.

Einen internationalen Touch fügt Prof. Dr. Paul Schmücker von der GMDS der conhIT durch eine Session hinzu, die IT-Tendenzen in anderen Gesundheitssystemen präsentiert – aus der Schweiz, aus Russland und Japan. Sämtliche Vorträge des conhIT-Kongresses 2009 werden im Übrigen simultan ins Englische bzw. Deutsche übersetzt.

Die Vielfalt des Informationsangebotes zieht an – dies, so BVMI-Präsident Dr. Carl Dujat, sollte die Entscheidung für die Reise an die Spree erleichtern: Die Schlüsselthemen, die relevante Akteure und ziemlich sicher auch die Kollegen, mit denen man sich austauschen möchte, machen aus der conhIT ein „must“.

Info:  GRAMEDIA DIRECT SELLING

ENSIKLOPEDIA SCIENCE / TEHNOLOGI

 1. Biodeversity Conservation Environment 2 Vol 2003 Rp.2,000,000

 2. Encyclopedia Dictionary of Environment Science & Technology 13 Vol 2002 Rp.9,000,000

 3. Encyclopedia of Bioinfotmatic 5 Vol 2005 Rp.3,500,000

 4. Encyclopedia of Collected Philopical Thought 4 Vol 2002 Rp.5,000,000

 5. Encyclopedia of Computer Science 5 Vol 2004 Rp.7,500,000

 6. Encyclopedia of Computer Software Technology 3 Vol 2003 Rp.5,000,000

 7. Encyclopedia of Ethic & Logic 10 Vol 2003 Rp.9,000,000

 8. Encyclopedia of Petroleum Science & Engineering 9 Vol 2005 Rp.7,000,000

 9. Encyclopedia of Science & Technology 5 Vol 2004 Rp.2,500,000

10. Encyclopedia of Textile 5 Vol 2000 Rp.3,500,000

11. Encyclopedia of The History of Science 2 Vol 2002 Rp.5,500,000

12. Encyclopedia Science Tehnology & Ethic 4 Vol 2005 Rp.11,000,000

13. McGrawhill Encyclopedia of Science & Technology 20 Vol 2002 Rp.30,250,000

14. World Of Biology 1 Vol 2001 Rp.3,500,000

15. World Of Physics 2 Vol 2001 Rp.4,500,000

Informasi dan Pemesanan:

2. Cabang Gramedia Direct Selling terdekat atau ke:

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 Sdr:  Setyo Cahyo
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Bastian sagt:

Jeder der die englische Sprache erlernt hat dürfte sich über die blöden unregelmässigen Verben geärgert haben die es einfach auswendig zu lernen galt. Bei regelmässigen Verben werden Simple Past und Past Participle einfach durch anhängen von -ed gebildet, wie die Reihe talk/talked/talked während die unregelmässigen Verben scheinbar keinen Regeln folgen (go/went).

Das dürfte zwar nicht die Motivation der Bioinformatiker gewesen sein die sich mit dem Aussterben dieser unregelmässigen Formen beschäftigt haben, aber vielleicht erfüllt es ja den einen oder anderen mit Genugtuung dass sie immer weniger werden, denn auch Sprache ist ja lebendig und folgt einer Art Evolution.

Übrigens gibt es noch einen kleinen Trost für alle die ungern auswendig lernen: Nur 3% aller englischen Verben sind unregelmässig. Der Haken bei der Sache: Die Top 10 der meistbenutzten Verben sind ausschliesslich unregelmässig.

Deshalb untersuchte das Team von Bioinformatikern einen Satz von 177 Verben zu verschiedenen Zeitpunkten. Sie schauten sich diese im Alt-Englischen – so um 800 n. Christus -, im Mittel-Englisch was so um die 1200 war (als Beispiel werden im Paper die Canterbury Tales angeführt) und als letzten Punkt die Gegenwart an.

Im Alt-Englischen waren all diese Verben noch unregelmässig, während im Mittel-Englischen schon nur noch 145 der betrachteten Verben ihre unregelmässige Form hatten. Und heute sind es nur noch 98.

Eine Theorie für das Aussterben der unregelmässigen Formen hängt mit der Häufigkeit der Verwendung der Worte ab. Je seltener die Verben benutzt werden desto schneller geraten die unregelmässigen Formen in Vergessenheit und werden durch Regelmässige ersetzt.
Und um dies zu überprüfen schauten sie sich die gut 18 Millionen Worte umfassende CELEX-Datenbank an und erhielten so die Nutzungsfrequenzen der Wörter die sie mit dem Aussterben der unregelmässigen Verben in Relation setzten und erhielten einen erstaunlich einfachen Zusammenhang:

Die Halbwertszeit von unregelmässigen Verben ist proportional zur Quadratwurzel der Nutzungsfrequenz. Oder um es in einem kleinen Beispiel einfacher auszudrücken: Ein Verb was 100mal weniger benutzt wird als ein Vergleichs-Verb wird 10mal so schnell zum regelmässigen Verb.

Und damit haben die Forscher dann auch Vermutungen angestellt über die Zukunft: Sollte der Trend zum Verfall so weiterlaufen wie bisher werden im Jahre 2500 nur noch 83 der 177 betrachteten Verben unregelmässig sein. Darüber hinaus haben sie auch eine Vorhersage gemacht welches der Verben als nächstes regelmässig werden wird: Vermutlich wird es wed/wed/wed sein, was mit nur 4,2 mal pro Million Verben benutzt wird. Es wird dann zu wed/wedded/wedded regelmässig gemacht.

Also liebe Englisch-Schüler, es wird noch etwas dauern bis ihr euch das Auswendiglernen sparen könnt.

Erez Lieberman, Jean-Baptiste Michel, Joe Jackson, Tina Tang, Martin A. Nowak (2007). Quantifying the evolutionary dynamics of language Nature, 449 (7163), 713-716 DOI: 10.1038/nature06137

skee on the road – so heißt mein neuer Blog. Ich werde die Welt am laufenden halten und von mir berichten, egal wo ich bin, hauptsächlich wird das aber in Berlin sein. Mit dem iPhone 3G in der Hand bin ich dazu bestens ausgerüstet.

Als Anfang eine kurze Zusammenfassung, was bisher geschah:

Ich studiere noch. Ja trotz meiner 33 Jahre, die ich vor einer Woche erreicht habe. Es ist aber nicht schlimm, im Gegenteil – das Leben als Student hat sehr viele Vorteile und davon wird man auch was merken Aber ich studiere nicht mehr lange, denn im Moment bereite ich meine Bachelorarbeit vor. Bis Ende des Jahres will ich auf jeden Fall fertig werden und dann… naja, das werde ich sehen. Wahrscheinlich einen Job annehmen und mich weiterentwickeln. Ach ja, ich studiere Bioinformatik.

So, das reicht erstmal. Alles andere ergibt sich aus den folgenden Beiträgen.

Bastian sagt:

Die meisten Leute denken bei den Anfängen von HIV sicherlich an die Welle von Infektionen in den 80ern wo sich der Virus erstmals einer breiteren Masse von Menschen zeigte. Weniger bekannt ist es da schon, dass die älteste, nachgewiesene Infektion mit HIV von 1959 stammt.

Doch wie alt ist das HI-Virus denn nun wirklich? Dieser Frage ging ein Team von Forschern um Michael Worobey von der University of Arizona nach. Dafür untersuchten sie in Paraffin eingebettete Gewebeproben aus Kinshasa die zwischen 1958 und 1960 entnommen & fixiert worden waren. Und in einem Fall, einer Probe eines Lymphknotens aus dem Jahre 1960, wurden sie fündig und konnten die RNA von HIV-1 nachweisen.

An sich ist das nun nicht so spannend, denn immerhin stammt die älteste nachgewiesene Probe wie gesagt aus dem Jahre 1959. Doch das Team hat mit Hilfe der Bioinformatik einen Datensatz bestehend aus alten und aktuellen Sequenzen analysiert.

Die genauen Details spare ich mir an dieser Stelle mal, denn die Mathematik dahinter ist nicht ganz so trivial wie man meinen könnte und zumindest ich mag das hier nicht vereinfacht darstellen, aber prinzipiell arbeitet man mit dem Prinzip der Molecular Clock.
Für den Fall das man die Mutationsrate für den betrachteten Fall bestimmen kann ergibt sich nämlich eine Beziehung zwischen den Sequenzunterschieden im Erbgut und der verstrichenen Zeit. Ermittelt man nun die Unterschiede in den Sequenzen kann man daraus auf die Evolutionsdauer schliessen.

Und genau dies haben die Forscher getan, und dabei festgestellt, dass es das HI-Virus vermutlich schon seit Anfang des 20. Jahrhundertes existiert. Bleibt wohl nicht viel als dann bald mal den 100ten Geburtstag von HIV zu feiern.

Michael Worobey, Marlea Gemmel, Dirk E. Teuwen, Tamara Haselkorn, Kevin Kunstman, Michael Bunce, Jean-Jacques Muyembe, Jean-Marie M. Kabongo, Raphaël M. Kalengayi, Eric Van Marck, M. Thomas P. Gilbert, Steven M. Wolinsky (2008). Direct evidence of extensive diversity of HIV-1 in Kinshasa by 1960 Nature, 455 (7213), 661-664 DOI: 10.1038/nature07390

Woran Philipp & ich gerade arbeiten.

Linus sagt:
Und hier woran ich diesen Sommer (im weiteren Sinne) gearbeitet habe:

Mehr gibt es (vielleicht) davon zu lesen, wenn (falls) es peer-reviewed wurde…

Philipp und ich machen zur Zeit bei den Münsteraner Bioinformatikern ein kleines Sommerprojekt und im Zuge dessen wir beide auch gerade Python zu lernen. Was gar nicht so einfach ist, bislang haben wir uns hauptsächlich mit try & error über Wasser gehalten und uns dafür auch gar nicht so schlecht geschlagen, denn unsere Vorkenntnisse bestanden nur daraus in der Schule mal Pascal angeschnitten zu haben.

Doch auf Dauer bringt das wenig und um auch etwas schneller zum Ziel zu kommen haben wir nun neben dem Buch Learning Python auch noch eine andere nette Quelle aufgetan:

Das Pasteur-Institut hat extra für Biologen zwei Tutorials geschrieben. Zum einen gäbe es da die allgemeine Einführung für alle die noch gar keine Ahnung vom Programmieren haben. Und zum anderen den “Python course in bio informatics“.

Besonders nett für Biologen: Alle Beispiele kommen aus dem Umfeld und auch der Gebrauch der spezifischen Bio-Pythonbibliothek wird gut erklärt. Für alle Interessierten sicherlich eine gute Lektüre.