Creada por el Papa Julio II en su bula Romano Pontifex (8 de agosto 1511). Es la primera de las Catedrales de América. Fue erigida el 12 de mayo de 1512, albergándose en un edificio de paja y madera hasta que se construyó la obra de cantería, cuya primera piedra colocó el segundo obispo D, Alejandro Geraldini.

El arquitecto Luís de Moya inicio la obra en el 1523 quedando concluida su principal estructura en el 1540. Desde su origen estuvo dedicada a nuestra Sra. De la Encarnación.

Mediante la bula Super Universas del Papa Paulo III (12 de febrero de 1546) la sede episcopal de Santo Domingo obtuvo categoría arquiepiscopal al ser establecidos los tres primeros arzobispados del Nuevo Mundo, Santo Domingo, México y Lima.

El nuestro se honró teniendo como fragáneas las diócesis de la Concepción de La Vega, Puerto Rico, Cuba, Coro (Venezuela), Santa Marta y Cartagena (Colombia), Honduras la abadía de Jamaica.

La diócesis de Nueva Orleans fue designada como sufraganéa de Santo Domingo el 12 de septiembre de 1554.

Su dignidad de Catedral Primada de América fue ratificad por la bula Divinis Praeceptis del Papa Pio VII (28 de noviembre de 1816) y por el real decreto de S.M. Don Fernando VII rey de España y de las Indias Occidentales (26 de julio de 1817)

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