Penjelasan singkat dari jurnal “Molecular Plant Breeding” adalah sebagai berikut:

Molecular Plant Breeding (online, ISSN 1923-8266) is an open access and peer reviewed journal, publishing original research papers involving in the transgenic breeding and marker assisted breeding in plants. Molecular Plant Breeding is independently published by Editorial Team based the BioPublisher Platform. All papers are published under the terms of Creative Commons Attribution License.

Molecular Plant Breedingcommitted to serve for transgenic breeding and marker assisted breeding, particularly publishing innovative research findings in the basic and applied fields of molecular genetics and novel techniques for improvment, as well as applications of molecular enhanced products.

All papers chosen for publishing should be innovative research work in field of plant breeding, particular in the areas of transgene, molecular genetics, crop QTL analysis, germplasm genetic diversity, and advanced breeding technologies. The primary criteria for publication are the interestings that need not only to meet specific interesting of plant geneticists and breeders, but also to satisfy the populations of this journals who are engaging the development and marketing of seed industry.

Untuk lebih lengkapnya, informasi tentang jurnal “Plant Molecular Breeding” dapat dilihat di link ini.

Selain di empat lokasi yang disebutkan di atas, tidak ada dalil syar’i yang menyebutkan keistimewaan tertentu yang dipunyai oleh bagian-bagian Ka’bah lainnya. Namun demikian, entah karena alasan apa, banyak jama’ah calon haji (JCH) melakukan tindakan-tindakan yang semestinya tidak dilakukan karena berpotensi mengarah kepada perbuatan Syirik kepada Alloh. Contoh-contoh yang sering kita lihat, yang seharusnya tidak dilakukan oleh JCH yang berada di sekitar Baitulloh antara lain:

(1) Bergelantungan di pintu Ka’bah untuk berdoa

Meskipun kita selalu melihat banyak JCH dari berbagai negara berebut tempat untuk berdoa di pintu Ka’bah, secara syar’i sebetulnya tidak ada riwayat yang menyatakan bahwa pintu Ka’bah merupakan tempat yang makbul untuk berdoa. Kami sendiri heran dan bertanya-tanya, mengapa banyak JCH berebut bergelantungan di bawah pintu Ka’bah untuk berdoa? Seharusnya mereka berebut berdoa di Multazam yang merupakan tempat makbul.

(2) Berebut untuk mencium Rukun Yaman

Di bagian lain yang biasanya JCH berebut untuk menciumnya adalah bagian Rukun Yaman kedua (yang tidak ada Hajar Aswad-nya). Meskipun banyak JCH yang melakukannya, sebetulnya mencium Rukun Yaman ini tidak didasarkan pada dalil syar’i dan tidak ada kefadholannya. Seharusnya JCH tidak perlu berebut dan memaksakan diri melakukannya. Bahkan dalam thowaf, jika JCH tidak bisa mengusap, maka tidak perlu isyaroh tetapi langsung saja mengganti doanya menjadi doa antara Rukun Yaman dan Hajar Aswad.

(3) Menangis dan meratap di tembok Ka’bah

Jika sedang thowaf, jangan heran kalau menjumpai banyak JCH yang menangis dan meratap di tembok Ka’bah, terutama di tembok antara Hijir Ismail dengan Rukun Yaman, antara Hajar aswad dan Hijir Ismail, atau di bagian dalam Hijir Ismail. Meskipun kita melihat banyak JCH dari berbagai negara melakukannya, tidak perlu diikuti karena tidak ada dasar dalil syar’i-nya dan tidak ada riwayat yang menyebutkan kefadholan melakukan hal tersebut.

(4) Mengusap-usap tembok Ka’bah atau Kiswah (selambu penutup Ka’bah) dengan tangan atau kain dan mengusapkannya ke muka atau seluruh badan. Kadang JCH ada yang menuangkan minyak wangi terlebih dahulu ke temboknya, baru diusap-usap. Hal inipun juga tidak ada dasar dalil syar’inya. Apalagi kalau kemudian berkeyakinan bahwa benda yang diusapkan ke dinding Ka’bah akan mendatangkan berkah, maka hal ini sudah menjurus pada kelakuan syirik.

(5) Sholat sunnah pas mepet dengan Ka’bah

Ketika thowaf maka seringkali dijumpai JCH yang bergerombol melakukan sholat sunnah pas mepet dinding Ka’bah, terutama di lokasi antara Hajar Aswad dan Hijir Ismail, sehingga membahayakan diri sendiri dan JCH lainnya yang sedang thowaf. Hal ini semestinya tidak dilakukan karena tidak ada dasar dalil syar’inya, tentang kefadholan melakukan sholat sunnah mepet dinding Ka’bah. Sholat sunnah mepet Ka’bah pahalanya ya sama saja dengan sholat sunnah di bagian manapun di dalam Masjidil Harom (yaitu 100.000x sholat di lndonesia sehingga tidak perlu membahayakan diri sendiri dan orang lain untuk melakukannya.

(6) Memotong atau merobek sebagian kecil dari Kiswah (selambu penutup Ka’bah)

Ketika Kiswah masih dibiarkan bergelantung hingga fondasi Ka’bah, ada JCH yang sengaja mengambil guntingan Kiswah dan menyimpannya. Tindakan tersebut juga tidak mepunyai kefadholan khusus karena tidak ada dalil syar’i yang mendasarinya. Tindakan ini justru mengarah kepada perbuatan syirik jika beranggapan bahwa potongan kiswah yang diambil mampu mendatangkan berkah.

Jika Alloh memberikan kesempatan kepada para pembaca postingan ini untuk datang ke Mekkah dan menyaksikan sendiri keagungan Baitulloh (Ka’bah), maka janganlah ikut-ikutan melalukan hal-hal yang telah disebutkan diatas. Selain tidak ada dasar hukum syar’i yang menyebutkan kefadholan perbuatan-perbuatan yang disebutkan diatas, salah-salah malah bisa menjurus pada kelakuan syirik yang dilarang Alloh. Moga-moga Alloh SWT paring manfaat dan barokah dan semoga informasi ini ada manfaatnya.

Next: Entry # 22 – Mekkah al-Mukarommah – Day 2: Scientific Fact Sekitar Masjidil Harom – Part 1. Mengapa di Masjidil Harom Tidak Dipasang Karpet?

Previous: Entry # 20 – MEKKAH AL-MUKAROMMAH – DAY 1: BAITULLOH (KA’BAH) – Part 2

(Mekkah al-Mukarommah, 21 Oktober 2010)

Salah satu sisi bangunan dari Masjidil Harram dengan lantai dari marmer. Umumnya, di Masjidil Harram lantainya tidak berkarpet. Lain dengan Masjid Nabawi yang sebagian besar lantainya selalu ditutupi oleh karpet warna merah.

Bagi jama’ah calon haji (JCH) yang datang ke Mekkah tahun 2010 dan sudah mendatangi Masjid Nabawi dan Masjidil Harom, mungkin bisa membandingkan bagaimana kondisi kedua masjid ini. Salah satu hal yang berbeda antara kedua masjid tersebut adalah: (1) di Masjid Nabawi – di lantainya selalu digelar karpet tebal berwarna merah. (2) Sebaliknya, di Masjidil Harom – tidak satu lembar karpetpun yang dijumpai digelar diatas lantai marmernya?

Apakah perbedaan tersebut akibat manajemen bagian cleaning servicenya yang berbeda atau karena jumlah JCH yang datang ke Masjidil Harom jauh lebih banyak dibandingkan ke Masjid Nabawi, sehingga tidak efisien jika dipasang karpet (biaya operasional carpet cleaningnya akan terlalu besar!). Apakah salah satu dari dua penjelasan tersebut yang menyebabkan di Masjidil Harom tidak dipasang karpet? atau ada penjelasan lain?

Aktivitas di salah satu bangunan Masjid Nabawi. Tidak seperti di Masjidil Harram, lantai Masjid Nabawi meskipun terbuat dari marmer - selalu dilapisi dengan karpet merah.

Well… dua penjelasan tersebut bukanlah jawaban dari pertanyaan mengapa di Masjid Nabawi dipasang karpet sedangkan di Masjidil Harom tidak. Penjelasan ilmiah dari pertanyaan tersebut berkaitan dengan arah kiblat yang berbeda kondisinya bagi kedua masjid tersebut.

(1)    Kalau di masjid Nabawi – arah kiblat hanya satu yang menuju Ka’bah. Dengan demikian, karpet standar dapat dipasang dan shofnya dibuat dengan arah dan jarak tertentu. Misalnya, pada karpetnya dibuat pola garis dengan jarak 1.5 m sebagai indikator shof sholat. Maka bongkar pasang karpet dan pengaturan tanda shof sholat akan dapat dilakukan tanpa kesulitan.

(2)    Lain halnya dengan di Masjidil Harom, yang walaupun arah kiblatnya sama-sama ke arah Baitulloh (Ka’bah) tetapi dalam prakteknya arah kiblat tersebut membentuk garis melingkar memutari Ka’bah. Dengan demikian, jika akan dipasang karpet maka akan tidak praktis untuk membuat tanda shof sholatnya. Membuat disain karpet dengan pola garis sebagai tanda shof sholat yang mengarah ke kiblat di Masjidil Harom akan menjadi tidak praktis. Proses bongkar pasang karpetnya juga akan membawa kesulitan karena karpetnya harus dipasang ditempat tertentu agar garis shof sholatnya pas. Oleh karena itu, yang paling aman ya tidak usah dipasangi karpet. Tanda shof sholat yang sesuai dengan arah kiblat telah dibuat permanen dalam bentuk pemasangan marmer berwarna lebih gelap atau pembuatan garis shof permanent di lantai marmenya. Dengan demikian, shof atau barisan sholat dari jama’ah sholat yang ada di Masjidil Harom akan teratur sesuai dengan posisinya relatif terhadap Ka’bah.

Demikian penjelasan ilmiah (weh… weh…!) tentang pertanyaan mengapa di Masjid Nabawi dipasang karpet sedangkan di Masjidil Harom tidak. Jawabannya berkaitan dengan arah kiblat yang berbeda situasi dan kondisinya dari dua masjid tersebut. Moga-moga Alloh SWT paring manfaat dan barokah dan semoga informasi ini ada manfaatnya.

Next: Entry # 23 – Mekkah al-Mukarommah Day 3: Scientific Fact Sekitar Masjidil Harom – Part 2.

Previous: Entry # 21 – MEKKAH AL-MUKAROMAH – DAY 1:  BAITULLOH (KA’BAH) – PART 3.

(Mekkah al-Mukarommah, 22 Oktober 2010)

Dalam penjelasan sebelumnya telah diuraikan bahwa individu-individu dalam populasi NIL mempunyai genom yang isogenic (sama genomnya) kecuali untuk beberapa bagian genom tertentu saja yang masih bersegregasi (berbeda konstitusi genotipenya) diatara individu dalam populasi (oleh karena itu disebut dengan istilah: NEAR ISOGENIC). Pada bagian genom yang masih bersegregasi tersebut terdapat marker yang juga bersegregasi (misalnya: dalam hal marker yang dominan – bersegregasi untuk skor [+] dan [-] atau dalam hal marker yang co-dominan – bersegregasi untuk alternatif alel yang ada pada lokusnya [i.e.: 11, 12, dan 22]) dan terdapat karakter tertentu yang juga bersegregasi (misalnya: resisten [RR dan Rr] atau rentan [rr]).

Mempelajari ko-segregasi antara marker pada bagian genom yang tidak isogenic (hanya pada sejumlah lokus yang masih bersegregasi saja) dengan fenotipe target, tentu relatif lebih mudah jika dibandingkan dengan mempelajari ko-segregasi seluruh lokus di dalam genom dengan fenotipe target yang sama. Itulah salah satu kelebihan dari populasi NIL dibandingkan mapping populasi lain dalam kaitannya dengan association mapping (linkage analysis). Namundemikian, untuk mendapatkan kondisi yang demikian diperlukan tahapan backcrossing selama beberapa generasi (6-10 generasi backcrossing). Dengan demikian, menghasilkan populasi NIL – selain memerlukan waktu yang lama juga memerlukan resource yang tidak sedikit.

Pertanyaannya, lantas bagaimana jika kita ingin menggunakan Populasi NIL tetapi tidak mempunyai waktu dan resources yang diperlukan untuk melakukan 6-10 generasi backcrossing? Apakah ada alternatif cara untuk menghasilkan populasi NIL tanpa harus melakukan backcrossing selama beberapa generasi? Jawabannya ADA! yaitu menggunakan pendekatan BULK SEGREGANT ANALYSIS (BSA). Dalam BSA, kita bisa mendapatkan kondisi yang setara dengan near-isogenik sebagaimana yang didapat pada populasi NIL tetapi cukup dengan menggunakan populasi F2-intercross (satu kali persilangan terkontrol untuk memproduksi F1 dan satu generasi selfing untuk menghasilkan F2).

Dalam prakteknya, tahapan kegiatan yang dilakukan antara lain adalah sebagai berikut:

1. Setelah menghasilkan populasi F2 bersegregasi turunan hasil persilangan dari dua tetua terpilih (tetua P1 x P2), individu-individunya ditanam di lokasi evaluasi untuk dievaluasi fenotipe targetnya (misalnya: ketahanan penyakit atau daya hasilnya). Sampel daun dipanen pada umur yang sesuai dari masing-masing individu sebelum diinokulasi dengan penyakit atau dipanen hasilnya. Jaringan yang dipanen dapat disimpan segar atau kering atau dapat langsung diisolasi DNA-nya dan disimpan dalam bentuk DNA.
2. Setelah evaluasi resistensi terhadap penyakit atau penentuan daya hasil masing-masing individu telah dilakukan, selanjutnya  setiap individu dikelompokkan ke dalam kelompok resistensi atau daya hasil tertentu. Sebagai contoh untuk resistensi misalnya dikelompokkan menjadi: Klp I-sangat resisten, II-resisten, III-agak resisten, IV. agak rentan, V-rentan, dan VI-sangat rentan. Sedangkan sebagai contoh untuk daya hasil misalnya menjadi: Klp I-sangat tinggi, II-tinggi, III-agak tinggi, IV. agak rendah, V-rendah, dan VI-sangat rendah.
3. Setelah pengelompokan berdasarkan fenotipe dilakukan – dipilih dua kelompok yang fenotipenya paling ekstrim dan DNA dari anggota masing-masing kelompok dicampurkan menjadi satu. Misalnya: dipilih individu-individu dari klp I (sangat resisten atau hasilnya sangat tinggi) versus klp VI (sangat rentan atau haslnya sangat rendah). DNA setiap individu dari masing-masing kelompok dicampurkan menjadi satu dan dilabel sebagai POOL I (sangat resisten atau daya hasil sangat tinggi) dan POOL II (sangat rentan atau daya hasil sangat rendah). Biasanya, setiap POOL DNA terdiri atas campuran maksimum 10 individu.
4. Dua POOL DNA yang mempunyai fenotipe kontras tersebut (sangat resisten versus sangat rentan atau sangat tinggi versus sangat rendah daya hasilnya) merupakan representasi dua lini yang near isogenic (konstitusi genetiknya sama untuk hampir semua lokus, tetapi bersegregasi (berbeda fenotipenya) untuk satu target fenotipe tertentu. Demikian juga jika dilihat dari sisi marker molekuler, dua populasinya isogenik untuk hampir semua lokus marker, tetapi bersegregasi untuk lokus marker tertentu – yang diduga berasosiasi (linkage – terkait) dengan fenotipe target.
5. POOL DNA yang didapat digunakan sebagai templat (cetakan) untuk menghasilkan marker molekuler tertentu, misalnya: marker RAPD, ISSR, AFLP, atau SSCP. Profil marker molekuler yang didapatkan dari penggunaan POOL DNA I (sangat resisten atau daya hasil sangat tinggi) dikontraskan dengan marker molekuler yang didapatkan dari penggunaan POOL DNA II (sangat rentan atau daya hasil sangat rendah).
6. Hasil analisis profil marker (sebagai contoh dipilih marker RAPD) yang diperoleh kemungkinannya adalah sebagai berikut: skor untuk lokus marker (a) M1 – POOL I (+) vs. POOL II (-), (b) M2 – POOL I (+) vs. POOL II (+), (c) M3 – POOL I (-) vs. POOL II (+), dan (d) M2 – POOL I (-) vs. POOL II (-).
7. Dari empat kemungkinan profil marker yang telah dianalisis (lihat step 6) tersebut dapat diambil simpulan: Kelompok lokus dengan (1) Profil marker (d) tidak ada manfaatnya karena markernya  mempunyai skor (-) pada dua POOL DNA; (2) Profil marker (c) tidak ada manfaatnya karena markernya mempunyai skor (+) pada POOL DNA II (marker yang POOL II specific), padahal yang diinginkan adalah marker yang skor (+) untuk POOL DNA I (marker yang POOL I specific – pool dari individu resisten atau daya hasil tinggi); (3) Profil marker (b) tidak diinginkan karena isogenik untuk POOL I dan POOL II; dan (4) Profil marker (a) saja yang merupakan kelompok lokus yang dicari dalam kegiatan seperti ini. Lokus ini merupakan POOL I specific marker (hanya muncul pada POOL I dan tidak muncul pada POOL II). Diantara lokus marker dengan profil marker (a) tersebut diduga ada yang iduga linkage (terkait) dengan karakter resisten atau daya hasil tinggi.
8. Semua lokus yang mempunyai profil marker POOL I specific (profil marker [1]) dapat dianalisis lebih lanjut sebagai kandidat lokus marker yang terkait dengan sifat ketahanan atau QTL daya hasil tinggi. Sebaliknya, lokus dengan profil marker (2), (3) dan (4) tidak akan dievaluasi lebih lanjut.
9. Setelah teridentifikas lokus-lokus marker POOL I specific (profil marker [1]), segregasi marker tersebut diuji lebih lanjut dengan menggunakan DNA individu tanaman F2 yang telah diketahui identitas fenotipenya (tergolong sangat resisten, sangat rentan, atau kelompok resistensi lainnya). Kemungkinan hasil pengujian yang didapat antara lain sebagai berikut:

Dari berbagai tipe lokus yang dijadikan contoh di atas, dapat diinterpretasikan sebagai berikut:

• Tipe lokus marker IV-VII: tidak ada artinya dalam kaitannya dengan mencari marker yang linkage (terkait) dengan fenotipe sifat resisten atau daya hasil tinggi. Tipe lokus marker IV-VII mempunyai skor (-) untuk tanaman yang sangat resisten/resisten sehingga marker tipe IV-VII kemungkinan tidak linkage (terkait) dengan fenotipe target.
• Tipe lokus marker III: tidak ada artinya dalam kaitannya dengan mencari marker yang linkage (terkait) dengan fenotipe sifat resisten atau daya hasil tinggi. Tipe lokus marker III mempunyai skor (+) untuk tanaman yang sangat resisten/resisten hingga yang rentan/sangat rentan sehingga marker tipe III kemungkinan tidak linkage (terkait) dengan fenotipe target.
• Tipe lokus marker II: besar kemungkinan merupakan marker yang linkage (terkait) dengan fenotipe sifat resisten atau daya hasil tinggi. Tipe lokus marker II mempunyai skor (+) untuk tanaman yang sangat resisten/resisten sehingga sesuai yang diharapkan berpotensi linkage (terkait) dengan fenotipe target. Tetapi, marker tipe III juga skor (+) atau muncul pada kelompok tanaman yang rentan tetapi tidak muncul pada kelompok tanaman yang sangat rentan. Hal ini dapat dijelaskan bahwa kemungkinan tanaman-tanaman yang rentan tersebut ada dalam kondisi heterosigot. Sebagai akibat genotipe yang heterosigot tersebut, tanamannya mempunyai skor (+) untuk marker meskipun fenotipenya rentan.
• Tipe lokus marker I: besar kemungkinan merupakan marker yang linkage (terkait) dengan fenotipe sifat resisten atau daya hasil tinggi. Tipe lokus marker I mempunyai skor (+) hanya untuk tanaman yang sangat resisten/resisten sehingga sesuai yang diharapkan berpotensi linkage (terkait) dengan fenotipe target.

Setelah mendapatkan Tipe Lokus Marker I, maka kelompok lokus marker seperti ini dapat dievaluasi lebih lanjut dalam hubungannya dengan mencari lokus marker yang linkage (terkait) dengan sifat fenotipe tertentu. Sebagai kesimpulan, pada prinsipnya Bulk Segregant Analysis (BSA) pada prinsipnya menggunakan prosedur bertahap dengan (1) mengevaluasi dengan marker molekuler POOL DNA yang fenotipenya kontras untuk menciptakan kondisi yang isogenic sekaligus mempertahankan beberapa bagian dari genom tetap bersegregasi, (2) mengidentifikasi marker yang bersegregasi (posisinya ada pada bagian genom yang masih bersegregasi) untuk POOL I dan POOL II, (3) menguji lokus marker yang bersegregasi untuk POOL I dan POOL II pada individu tanaman yang berbeda fenotipenya, dan (4) memastikan ada tidaknya keterkaitan antara lokus marker terpilih (point 3) dengan fenotipe target.

Semoga ulasan dari beberapa pertanyaan yang sering mengemuka dalam diskusi di kelas atau ketika membaca thesis/disertasi mahasiswa SPS IPB tersebut ada manfaatnya. Semoga juga dapat menjadi sepotong kecil ‘gading atau belang yang dapat ditinggalkan bagi kolega yang membacanya. Feedback dan masukan dari teman-teman sangat diharapkan untuk meningkatkan pemahaman bersama, silakan berikan feedback dan masukan di kolom komentar.

Baca juga (Read also):

• Q & A: Mapping Population Versus Association Map (Association Linkage) Analysis
• Q and A: Mapping Population Part 2 – F2 Intercross
• Q and A: Mapping Population Part 3 – F2 Backcross dan-populasi-yang-terkait
• Q & A: Apakah Tanaman yang Diperbanyak Secara Vegetatif, Baik Tetua P1 atau P2 dan Silangan F1-nya, Dapat Digunakan untuk Membuat Mapping Population untuk Studi Marker Molekuler?
• Q and A: Mapping Population Part 4 – Pseudo-Testcross
• Q and A: Mapping Population Part 5 – Bulk Segregant Analysis (BSA)

One of former S2 student participated in the 2010-AGH635 lecture ask me the following questions: “I did cluster analysis of my SSR data using NTSys. My samples consisted of 101 individuals (OTU’s), the SSR marker loci used were 14, and the total generated alleles were 130. After finishing my analysis and generating the output tree, why did the tree (Fig. 1) only display 30 OTU’s out of 101? How can I use NTSys to generate dendogram tree displaying all of 101 OTU’s instead of only 30?“

Fig. 2. The complete “Tree plot” containing 101 individuals (OTU's) in one figure. However, the spacing among OTU's were too closed and the OTU labels were not legible.

The answers to those questions were very simple, after you have generated dendogram tree that display only 30 OTU’s using NTSys – go to “OPTIONS” in the NTSys menu and select “PLOT OPTIONS…” New window – “TREE PLOT …” window will open. In the “TREE PLOT…” window, look for option  “Page Control” and “OTU’s/page” – it will by default contain number “30″ (That is why you only see 30 OTU’s out of 101 displayed in the NTSys generated tree).

Still in that window, if you change the “OTU’s/page” number into “101″ then your tree will display 101 OTU in one dendogram (Fig. 2). However, you will not be able to see the OTU’s labels legibly (in fact, you will not be able to discern what the labels are at all). In this case, you may want to add custom annotation using graphic editor. In Fig. 3, you should be able to see incomplete custom annotation (I purposely did not do it for all of your OTU’s) for the tree in Fig. 2. You may add your own annotation to suit the objective of your research. My interpretation of the tree the might be something like these:

Fig. 3. The final “Tree plot” containing 101 individuals in one figure after adding custom annotations.

• Sample #10 is mother plant and sample #10.1 – 10.9 are supposedly clonal propagation of sample #10. In such case, green block annotation indicated true clone of sample #10, while yellow block annotation may indicate some degrees of somaclonal variation.
• Sample #61 is mother plant and sample #61.1 – 61.9 are supposedly clonal propagation of sample #61. In such case, green block annotation indicated true clone of sample #61, yellow block annotation may indicate some degrees of somaclonal variation, and red block annotation may indicate either heavily mutated seedlings or mislabeled/totally different seedlings labelled as clone of sample #61.
• And so on, you are the one who know the interpretation of your data. That custom annotation may be an alternative of putting custon labels on NTSys tree that you can use to give more information.

Your next question might be “how can I have 101 OTU’s display in one tree, but still have meaningful label for the OTU’s?” Well… the answer will be to divide the tree for 101 OTU into 2-5 parts and combine them again using graphic editor. You will have good spacing among OTU’s and legible labels. However, your picture may take up more than one page long of a regular paper. Otherwise, you have to make a reduced copy of the printed picture (may be 2-3 pages in length) to make it fit into a standard (A4) paper.

Your further next question might be “how can I divide the generated tree for 101 OTU into 2-5 parts and combine them into one bigger picture using graphic editor?” The answer for this is go back to the stage where you have generated tree with 30 OTU using NTSys. Next – go to “OPTIONS” in the NTSys menu and select “PLOT OPTIONS…” New window – “TREE PLOT …” window will open. In the “TREE PLOT…” window, look for option “Page Control” and “OTU’s/page” – it will by default contain number “30.”

If you want to make 4 part of pictures, then change the number into “26″ and you will have the first part of picture displaying the first 26 OTU’s in your computer monitor. Next – go to “FILE” in the NTSys menu and select “SAVE METAFILES…” New window – “SAVE PLOT AS METAFILES…” window will open. You have to give a name of your first part of your tree (i.e. “Tree Part-1″) and click “OK” to save your first part of tree picture.

Next – go to “OPTIONS” in the NTSys menu and select “PLOT OPTIONS…” New window – “TREE PLOT…” window will open. In the “TREE PLOT…” window, look for option “Page Control” and “Page” – it will by default contain number “1.” If you change the number into “2″ then you will see the second part of your tree. Similarly, if you change it into “3″ or “4″ then it will display the third and the fourth part of your tree. Each time the second, the third, and the fourth parts of the picture are displayed, save the picture using “FILE” and “SAVE METAFILES…” steps in the above section.

Once you have gotten all parts of the picture, then import the “.wmf” files of the picture parts into graphic editor and joint them into one complete picture. If you ask me “how can I edit the picture using graphic editor?” Well… that question is a Rp. 250 thousand an hour tutorial workshop question, so you better not ask me about it.

I hope that those explanations are able to answer your questions and solve your problems. Otherwise, feel free to contact me and ask for more questions to clarify parts that you may not get them. Best of luck in your study and data analysis. I hope you will be able to complete your S2/S3 program at IPB soon.

Related articles

• Q & A : Terkait Ekspresi Gen, Apa yang Dimaksud dengan Ekspresi Spasial (Spatial Expression)?
• Q & A : Terkait Dengan Ekspresi Gen – Apakah Ada Bermacam-macam Mekanisme Regulasi Ekspresi Gen Pada Genom Tanaman?
• Q & A : Terkait Dengan Ekspresi Gen – Bagaimana Mekanisme Regulasi Ekspresi Gen Dilakukan?
• Q & A : Terkait Dengan Ekspresi Gen – Apa yang Dimaksud Dengan Ekspresi Gen yang Diregulasi (Regulated Gene Expression)?
• Q & A : Terkait Ekspresi Gen, Apa yang Dimaksud Dengan Ekspresi Temporal (Temporal Expression)?
• Q & A : Apa yang Dimaksud Dengan Pleiotrophic Effects?
• Q & A : Apa yang Dimaksud Dengan Ekspresi Transien (Transient Expression)?
• Q & A : Kalau Ingin Mempelajari Ekspresi Gen, Bagaimana Cara atau Metode untuk Memonitor Terjadinya Ekspresi?
• Q & A : Apa yang Dimaksud Dengan Ectopic Expression?
• Q & A : Apa yang Dimaksud Dengan Ekspresi Gen Dalam Rekayasa Genetika Tanaman?
• Q & A : Apa yang Dimaksud dengan Gen Fungsional (Functional Genes)?
• Q & A: Ketika Data Molekuler Telah Dihasilkan dan Ingin Mengkonstruksi Dendogram atau Pohon Filogenetik, Bagaimana Menganalisisnya?
• Q & A : Dalam Gene Sequence Analysis, Apakah yang Dimaksud Dengan Gen Homolog, Gen Paralog, dan Gen Ortolog?
• Q and A: NTSys Application – Why Could Not I See All of My OTU’s in NTSys Output?

Barangkali ada jama’ah calon haji (JCH) yang bertanya-tanya, mengapa marmer di lantai sekitar Ka’bah tempat JCH melakukan thowaf tidak pernah terasa panas, meskipun disiang hari bolong atau ketika panas terik matahari? Apakah ini termasuk mukjizat Baitulloh (Ka’bah) yang masih bertahan hingga zaman moderen?

Untuk membuat marmer disekitar Ka’bah tetap terasa dingin meskipun ditengah terik matahari, sehingga JCH yang mau melakukan thowaf disiang hari bolong tidak perlu merasakan telapak kakinya terpanggang diatas batu panas, tidak memerlukan mukjizat. Cukup dengan membuat rangkaian pipa pendingin, semacam yang kita temukan di belakang refrigerator atau air conditioning di rumah-rumah JCH, di bawah marmer yang dipasang disekitar Ka’bah.

Yang membuat marmer tersebut dingin adalah konstruksi pendingin di bawah marmer, menyerap panas yang diterima oleh marmer akibat sinar matahari dan membuangnya di tempat lain. Melalui mekanisme seperti itulah marmer di sekitar Ka’bah dapat dibuat selalu tetap dingin meskipun di atas lantai matahari bersinar sangat terik.

Bayangkan berapa besar energi yang dibutuhkan untuk mengoperasikan sistem pendinginan lantai di sekitar Ka’bah? Bayangkan juga bagaimana kalau sampai sistem pendinginan tersebut gagal berfungsi? Yang jelas pasti akan menyulitkan bagi JCH untuk melakukan thowaf, meskipun thowafnya dilakukan pada malam hari.

Loh… kenapa masih sulit thowaf di malam hari dalam kondisi tanpa pendingin lantai, padahal kan matahari sudah terbenam? Karena marmer tergolong sebagai batu yang akan lambat menjadi panas dan setelah panas akan lambat pula menjadi dingin. Oleh karenanya, jika sistem pendinginnya gagal maka selama seharian marmernya terus-menerus menyerap panas matahari sehingga mencapai suhu yang tidak dapat ditoleransi kulit tubuh manusia. Ketika malam tiba, memang matahari sudah terbenam tetapi karena lambat melepaskan panas maka temperatur marmernya tetap tidak dapat ditolerir oleh tubuh manusia sehingga barangkali thowaf baru bisa dilakukan jauh menjelang dini hari. Dalam hal ini, rentang waktu bagi JCH untuk melakukan thowaf menjadi sangat sempit.

Sekarang bayangkan bagaimana mereka thowaf di zaman Rosulalloh SAW dan para shohabat, yang waktu itu belum ada sistem pendingin di sekitar Ka’bah? Apa kaki para shohabat yang thowaf tidak kepanasan? Well… kalau ini kami hanya bisa menebak saja. Kami bayangkan, pada zaman Rosulalloh SAW, lantai di sekitar Ka’bah masih berupa pasir. Butiran-butiran pasir bukan suatu konduktor/penghantar panas yang baik.

Dengan demikian, panas matahari tidak akan dengan cepat meningkatkan temperatur pasir di sekitar Ka’bah. Berdasarkan hal tersebut, kalau thowaf dilakukan pada pagi hari hingga sekitar pukul 10.00, perkiraan kami temperatur pasirnya masih dapat ditolerir kulit kaki para shohabat. Disamping itu, diantara butiran pasir juga terdapat udara yang memfasilitasi pasir di lapisan yang lebih bawah panasnya lebih rendah dari yang lapisan atas. Butiran pasir yang kecil-kecil juga memfasilitasi cepatnya pelepasan panas oleh pasir, dalam hal ini berarti thowaf juga dapat dilakukan di waktu sore atau menjelang malam hari. Itu tebakan kami loh…, kebenarannya… Wallohu a’lam. Moga-moga Alloh SWT paring manfaat dan barokah dan semoga informasi ini ada manfaatnya.

Next: Entry # 25 – Mekkah al-Mukarommah Day 5: Scientific Fact Sekitar Masjidil Harom – Part 4

Previous: Entry # 23 – MEKKAH AL-MUKAROMMAH – DAY 3: SCIENTIFIC FACT SEKITAR MASJIDIL HAROM – PART 2. Mengapa Merpati Harom Semua Biru?

(Mekkah al-Mukarommah, 24 Oktober 2010)

Hotel tempat JCH rombongan dari Yayasan Multazam menginap dengan latar depan salah satu Bus sarana transportasi dari Hotel menuju Masjidil Harram.

Jama’ah calon haji (JCH) dari Indonesia ditempatkan di pondokan/hotel dengan jarak antara 2 km sampai dengan sekitar 7 km di sekitar Masjidil Harom. Kami tidak tahu bagaimana kondisi pondokan/hotel dan transportasi dari seluruh JCH asal Indonesia. Yang dapat kami sampaikan adalah kondisi pondokan/hotel dan transportasi yang dialami oleh JCH dari kloter 02/JKS dan lokasi yang ada di sekitar kami.

Diantara tiga lokasi yang posisinya searah dengan Aziziyah, yaitu: Aziziah Janubiyah, Aziziyah Syimaliyah dan Syisyah – maka kondisi pondokan/hotelnya relatif baik. Di pondokan/hotel yang ditempati oleh JCH kloter 02/JKS, yaitu Hotel Marwah yang lokasinya di Aziziyah – Janubiyah No. 418, menurut penilaian kami kamarnya paling tidak tergolong hotel Bintang 4 tetapi setiap kamar diisi oleh antara 3 – 7 JCH. Jarak antara hotel ke Masjidil Harom sekitar 3 – 4 km.

Di hotel Marwah, masing-masing kamar tersedia pantry dengan teko elektrik untuk memasak air. Jika JCH membawa peralatan masak elektrik (kompor listrik, rice cooker, dll.) maka bisa memasak makanan di pantry. Sebagai bonus, untuk setiap lantai hotel Marwah disediakan dua mesin cuci yang dapat dipakai secara bergantian oleh JCH. Hal ini sangat membantu JCH dalam kegiatan cuci-mencuci meskipun seringkali harus mengantri untuk mendapatkan giliran menggunakan mesin cucinya.

Posisi hotel tempat kloter 02/JKS berada relatif strategis karena dilewati oleh transportasi bus dari terminal Mahbaz Jin ke arah Aziziyah Janubiyah, dengan frekuensi datang dan pergi yang cukup tinggi. Tetapi untuk pergi ke Masjidil Harom, dari terminal Mahbaz Jin harus berganti dengan bis jurusan Masjidil Harom.

Meskipun jumlah bus cukup banyak, pada jam-jam tertentu jumlah jama’ah pengguna jauh melebihi daya angkut bus yang tersedia sehingga harus menunggu giliran terangkut dalam waktu cukup lama. Dalam hal ini, jalan kaki langsung dari hotel ke Masjidil Harom dapat menjadi alternatif yang dipilih dibandingkan lama menunggu bus datang.

Kondisi transportasi ke wilayah di Aziziyah Syimaliyah tidak sebagus ke Janubiyah. Selain lokasi ke Syimaliyah lebih jauh, frekuensi kedatangan bus ke lokasi pondokan juga relatif lebih jarang sehingga ratio jumlah jama’ah yang akan diangkut dengan bus yang datang lebih besar. Akibatnya, banyak jama’ah yang harus menunggu lama sebelum terangkut ke Masjidil harom. Kondisi di Syisyah kurang lebih sama dengan Syimaliyah.

Informasi JCH yang berasal dari Kabupaten Bogor, pondokannya berada dalam radius 2 km dari Masjidil Harom (Ring 2). Untuk pondokan JCH tersebut tidak tersedia transportasi dari pondokan ke Masjidil Harom atau sebaliknya, sehingga JCH tersebut perlu mengatur transportasi sendiri dengan biaya SR. 2 per perjalanan atau berjalan kaki menuju ke Masjidil Harom. Untuk urusan makan, JCH dari rombongan Kabupaten Bogor (sebagian atau semuanya, kurang jelas infonya!) mengorder catering dari Hud dengan biaya SR. 20 per hari (makan 3x).

Jama’ah calon haji dari kloter 2/JKS, di kloter JCH warga dari Yayasan Multazam dari Kota Bogor berada, merasa beryukur alhamdulillah karena diberi pemondokan yang barokah, tidak terlalu jauh dari Masjidil Harom dan transportasinya relatif mudah. Kedua hal tertsebut sangat membantu pelaksanaan program ibadah JCH warga dari Yayasan Multazam, Kota Bogor yang tergabung dalam kloter 02/JKS. Moga-moga Alloh SWT paring manfaat dan barokah dan semoga informasi ini ada manfaatnya.

Next: Entry # 27 – Mekkah al-Mukarommah Day 7: Thowaf – Part 1.

Previous: Entry # 25 – MEKKAH AL-MUKAROMMAH – DAY 5: SCIENTIFIC FACT SEKITAR MASJIDIL HAROM – PART 4.  Mengapa Selambu Ka’bah Berwarna Hitam?

(Mekkah al-Mukarommah, 26 Oktober 2010)

Semua jama’ah calon haji (JCH) yang datang ke Mekkah atau jama’ah haji yang sudah pernah datang ke Mekkah sebelumnya pasti tahu bahwa warna selambu Ka’bah (Qishwah) adalah hitam. Nanun demikian, barangkali hanya sedikit diantara JCH atau jama’ah haji yang sudah melihat Ka’bah – yang iseng-iseng bertanya pada dirinya atau pada orang lain pertanyaan berikut: “Mengapa warna selambu Ka’bah (Qishwah) dibuat hitam? Kenapa tidak putih? atau merah? atau warna lainnya?

Jawaban dari pertanyaan tersebut berkaitan dengan alasan kepraktisan.

Pertama, warna hitam bersifat menyerap cahaya sehingga tidak membuat silau pada orang yang memandangnya meskipun disiang hari bolong. Dalam kondisi demikian, warna putih akan menyakitkan mata orang yang melihatnya (blinding effects). Disamping itu, karena menyerap cahaya berarti juga menyerap panas dan tidak memancarkan panas ke sekitarnya. Karena yang diselimuti adalah bangunan Ka’bah dari batu yang tidak dihuni orang, maka tidak masalah kalau selambunya warna hitam yang menyerap panas.

Kedua, warna hitam tidak terlalu berubah warnanya ketika kotor dibandingkan dengan warna lain. Bayangkan jika warna selambunya adalah putih, barangkali setiap tiga hari sekali harus dilepas dan dicuci kaleee. Kalau tidak, pastilah warna selambunya akan berubah menjadi belang bonteng akibat kotoran yang menempel.

Demikian penjelasan ilmiah (weh… weh…!) dari pertanyaan kenapa untuk selambu Ka’bah (Qishwah) dipilih warna hitam dan bukan warna lain. Jawabannya berkaitan dengan alasan kepraktisan. Moga-moga Alloh SWT paring manfaat dan barokah dan semoga informasi ini ada manfaatnya.

Next: Entry # 26 – Mekkah al-Mukarommah Day 6: Fasilitas Hotel dan Transportasi 2010.

Previous: Entry # 24 – MEKKAH AL-MUKAROMMAH – DAY 4: SCIENTIFIC FACT SEKITAR MASJIDIL HAROM – PART 3  Mengapa Lantai Thowaf Sekitar Ka’bah Dingin?

(Mekkah al-Mukarommah, 25 Oktober 2010)

Kira-kiranya lokasi "Belakang Maqom Ibrahim" sebagai tempat sholat sunnah dua reka'at setelah Thowaf. Jika ditarik garis lurus dari pojok Hajar Aswad (kiri gambar) ke bangunan Maqom Ibrohim dan dari pojok Hijir Ismail (kanan gambar) ke bangunan Maqom Ibrohim (lihat garis merah di gambar) - maka areal yang dibatasi dua garis merah tersebut adalah area "Belakang Maqom Ibrohim" yang dapat digunakan.

Setelah tiba di Mekkah dan masuk ke Masjidil Harom, salah satu rangkaian ibadah yang dilakukan oleh jama’ah calon haji (JCH) adalah Thowaf memutari Baitulloh (Ka’bah). Dalam Islam, yang dimaksud dengan Thowaf adalah rangkaian kegiatan ibadah yang terdiri atas memutari Ka’bah sebanyak 7 putaran dan setiap putaran dimulai/diakhiri dengan mencium atau mengusap atau isyaroh ke Baitulloh (yang umumnya dilakukan dalam kondisi banyak JCH ketika musim haji adalah isyaroh), dan diakhiri dengan sholat sunnah dua roka’at di belakang Maqom Ibrohim.

Yang dimaksud dengan di belakang Maqom Ibrohim adalah posisi dimana kita bisa menarik garis lurus dari Ka’bah, Maqom Ibrohim, dan posisi sholat kita. Jarak antara posisi sholat kita dengan Maqom Ibrohim boleh dekat (misalnya satu sujudan atau sekitar 1 m) atau jauh (tempat yang sekiranya aman untuk melakukan sholat sunnah dua rokaat dan berdoa) – dari Maqom Ibrohim. Yang penting bukan jaraknya tetapi dari posisi kita sholat, Maqom Ibrohim dan Ka’bah tetap bisa ditarik garis lurus.

Di dalam Islam ada beberapa macam thowaf yang dikenal atau dikerjakan di Baitulloh, antara lain: (1) Thowaf Khudum, (2) Thowaf untuk “Umroh”, (3) Thowaf untuk “Haji”, (4) Thowaf Sunnah 50x, dan (5) Thowaf Wada’. Bagi JCH atau orang yang ingin melaksanakan umroh, thowaf yang pertama kali dilakukan disebut sebagai Thowaf Khudum atau Thowaf Selamat Datang. Khusus untuk Thowaf Khudum – tiga putaran pertama dari rangkaian tujuh putaran – dilakukan dengan cara “ngincik” atau lari-lari kecil sedangkan empat putaran sisanya dengan berjalan biasa. Namun demikian dalam musim haji. pada umumnya hal tersebut sulit dipraktekkan karena banyaknya JCH yang melakukan thowaf. Catatan untuk “ngincik,” silakan dilakukan jika memang memungkinkan.

Thowaf untuk Umroh dilaksanakan bagi yang memang datang ke Masjidil Harom dengan niat umroh atau bagi JCH yang datang ke Masjidil Harom untuk melaksanakan ibadah haji (haji tammatu’ – secara harfiah diartikan sebagai haji senang-senang atau yang lain). Catatan untuk JCH yang mengerjakan Haji Tammatu’ maka Thowaf Khudum yang dilakukan digabung sekalian dengan Thowaf untuk Umroh. Berarti dalam hal ini – mengerjakan satu pekerjaan tetapi dengan dua niat, yaitu untuk niat Thowaf Khudum dan Thowaf untuk Umroh. Setelah thowaf dilanjutkan dengan sai Shofa – Marwah dan lukar dari pakaian Ihrom, sebagai akhir dari rangkaian ibadah umroh.

Thowaf untuk “Haji” adalah thowaf yang dilakukan pada hari Tarwiyah (yaitu: tgl. 8 Dzulhijah), sebelum berangkat untuk Wukuf di Arofah. Dalam rangkaian Thowaf untuk “Haji”, setelah selesai thowaf diikuti dengan sai Shofa dan Marwah, kemudian jama’ah menuju ke Arofah. Catatan, jika ingin afdhol, JCH dapat melakukan Thowaf untuk “Haji” di akhir rangkaian perjalanan haji (sesudah melempar Jumroh Aqobah) – bersamaan dengan Thowaf Ifadhoh. Dalam hal ini kembali kita melakukan satu gerakan untuk dua niat yaitu niat Thowaf untuk “Haji” dan Thowaf Ifadhoh. Setelah thowaf, baru dilanjutkan sai Shofa-Marwah.

Adapun Thowaf Sunnah 50x mempunyai kefadholan yang sangat besar bagi yang melaksanakan. Pahala bisa melaksanakan Thowaf Sunnah 50x adalah bagaikan orang yang dilahirkan kembali oleh orangtuanya. Namun demikian, melengkapi thowaf sunnah 50x perlu usaha yang sungguh-sungguh. Kegiatan thowaf 50x disarankan untuk dilakukan dengan tetap mengukur kekuatan masing-masing karena tujuan utama JCH tetap “Arofah.” Jangan sampai karena mengutamakan thowaf 50x akhirnya jatuh sakit dan malah terganggu kegiatan wukuf di “Arofah”-nya.

Thowaf Wada’ yaitu thowaf pamitan untuk meninggalkan Masjidil Harom dan pulang ke negaranya masing-masing. Dengan demikian, jika sudah meniatkan melakukan Thowaf Wada’, begitu selesai thowaf berarti kita memutuskan untuk tidak akan ke Masjidil Harom lagi pada periode kunjungan tersebut. Kalau lain waktu mau haji atau umroh lagi, ya tidak masalah.

Dalam hal Thowaf Wada. jika masih ada waktu disarankan tidak dilakukan pada hari yang sama dengan thowaf ifadhoh, tetapi lakukan keduanya pada hari yang berbeda. Dalam hal sudah tidak ada waktu karena segera akan ke Jeddah untuk pulang ke Indonesia atau ke Madinah untuk Arba’in, maka Thowaf Ifadhoh dapat dilakukan terlebih dahulu dan setelah beristirahat secukupnya dapat dilakukan Thowaf Wada pada hari itu juga.

Diantara berbagai thowaf yang diuraikan tersebut, alhamdulillah saat ini semua JCH warga dari Yayasan Multazam, Kota Bogor sudah menyelesaikan (1) Thowaf Khudum, besamaan dengan (2) Thowaf “Umroh”, dan (3) sebagian dari Thowaf Sunnah 50x – yang saat ini sedang diperjuangkan untuk diselesaikan oleh masing-masing JCH. Thowaf untuk “Haji”, Thowaf Ifadhoh, dan Thowaf Wada – baru akan dilakukan setelah selesai wukuf di Arofah dan melempar Jumroh Aqobah. Moga-moga Alloh SWT paring kekuatan, aman, selamat, dan lancar bagi JCH semuanya. Moga-moga Alloh SWT paring manfaat dan barokah dan semoga informasi ini ada manfaatnya.

Next: Entry # 28 – Mekkah al-Mukarommah Day 8: Thowaf – Part 2.

Previous: Entry # 26 - MEKKAH AL-MUKAROMMAH – DAY 6: HOTEL DAN TRANSPORTASI HAJI 2010

(Mekkah al-Mukarommah, 27 Oktober 2010)

Ada beberapa hal yang sebaiknya kita lakukan (DO) atau sebaiknya jangan dilakukan (DON’T) di dalam thowaf di Baitulloh. Berikut ini kami sampaikan berbagai hal tersebut sebagai referensi untuk jama’ah calon haji (JCH) ketika akan melakukan thowaf, salah satu kegiatan yang harus dilakukan dalam rangkaian ibadah haji atau umroh.

Berbagai hal yang kami sajikan tidak hanya yang berkaitan dengan rukun atau syarat thowaf, yang didasarkan pada dalil syar’i; tetapi juga hal-hal yang sifatnya praktis untuk dilakukan ketika thowaf, meskipun tidak terkait langsung dengan syarat atau rukun thowaf secara syar’i. Kami menyadari bahwa berbagai hal yang kami sampaikan mungkin masih kurang lengkap, untuk itu kami mengajak para jama’ah sekalian untuk mengirimkan informasi yang perlu ditambahkan untuk melengkapi daftar DO and DON’T dalam thowaf ini dengan mengirimkannya melalui komentar.

(1)    Karena thowaf harus diawali dari pojok Hajar Aswad, sedangkan kedatangan kita ke Masjidil Harom tidak selalu melewati pintu yang langsung pas dengan arah Hajar Aswad, maka

(DO:) dari manapun arah kita datang segera carilah jalan tersingkat menuju ke Hajar Aswad atau tanda lampu hijau (dengan memutari Ka’bah sesuai arah jarum jam atau berlawanan jarum jam – pilihlah mana yang paling dekat) sebagai titik awal untuk memulai thowaf.

(DON’T:) Jangan langsung memulai thowaf dari mana saja anda datang karena hitungan thowaf dimulai dari pojok Hajar Aswad.

(2)    Karena garis coklat di lantai sekitar Ka’bah sebagai indikator posisi lurus Hajar Aswad telah dihilangkan, untuk memulai thowaf.

(DO:) pergunakan saja posisi lampu hijau dan pojok Hajar Aswad sebagai acuan posisi untuk memperkirakan garis awal memulai thowaf.

(DON’T:) Tidak perlu memaksakan harus pas lurus Hajar Aswad karena akan sulit untuk dilakukan.

(3)    Untuk memulai thowaf,

(DO:) cukup dengan isyaroh ke Hajar Aswad sekali saja setiap awal putaran dan

(DON’T:) tidak perlu memaksakan untuk mengusap atau mengecup (mencium) Hajar Aswad. Setelah isyaroh, tidak perlu mengecup tangan kita dan untuk setiap putaran isyarohnya tidak perlu berkai-kali (banyak JCH isyarohnya berkali-kali, sambil setiap kali selesai isyaroh tangannya dikecup [dicium] seolah-olah mengecup [mencium] Hajar Aswad).

(4)    Untuk mengawali putaran pertama,

(DO:) mulailah dari pinggir lingkaran orang-orang yang thowaf dan sambil berputar bergeserlah secara bertahap sedekat mungkin dengan bangunan Ka’bah, jika ingin mencari jarak terpendek untuk setiap putaran. Umumnya, dengan bergeser secara bertahap, dalam satu putaran sudah bisa membuat diri kita ada di posisi sedekat mungkin dengan bangunan Ka’bah.

(DON’T:) Jangan memotong jalan orang karena ingin mendekati bangunan Ka’bah secara langsung. Hal ini selain akan membahayakan diri sendiri, juga mengganggu atau menyakiti orang lain yang sedang thowaf kerena terpotong jalannya oleh pergerakan kita.

(5)    Selama melakukan thowaf,

(DO:) lafalkan doa-doa dengan pelan (ukurannya cukup asal telinga kita sendiri saja yang mendengar). Masing-masing JCH yang thowaf harus melafalkan doa-doa selama thowaf – sendiri-sendiri. Masing-masing JCH diusahakan untuk hafal doa-doa selama thowaf.

(DON’T:) Jangan melafalkan doa sekeras-kerasnya selama thowaf karena dapat mengganggu kekhusyukan JCH lainnya yang juga sedang thowaf. Jangan hanya mengaminkan doa yang dibaca orang lain dan jangan mengandalkan orang lain untuk membaca doa keras-keras karena tidak hafal doanya.

(6)    Karena Baitulloh bukan milik kita sendiri dan yang melakukan thowaf orang banyak,

(DO:) lakukan thowaf secara individual atau dalam grup kecil 2-3 orang saja. Bersabarlah dalam berjalan mengelilingi Ka’bah dan berjalanlah dengan melihat situasi dan kondisi di sekitar anda.

(DON’T:) Jangan thowaf secara bersamaan dalam barisan yang panjang dengan jumlah orang yang banyak (ular-ularan: satu rombongan membentuk barisan yang panjang seperti ular) karena hal ini cenderung mengganggu JCH lainnya yang juga sedang thowaf. Apalagi jika kepala rombongannya mendorong JCH yang thowaf di depannya supaya minggir untuk meberi jalan bagi barisannya, ini berarti sudah menyakiti JCH lainnya yang sedang thowaf di Baitulloh.  JCH yang thowaf dengan ular-ularan tersebut umumnya juga tidak mau memberi jalan bagi JCH lain yang akan keluar dari barisan bagian dalam karena sudah selesai thowaf, sehingga ular-ularan tersebut mengganggu jalan bagi JCH.

(7)    Dalam thowaf, JCH sering takut atau khawatir kalau terpisah dari rombongannya sehingga mereka cenderung melakukan thowaf model ular-ularan (lihat poin 6). Sebetulnya kekhawatiran terpisah dari rombongan dapat diatasi dengan:

(DO:) membuat konsensus untuk bertemu di lokasi sekitar tangga – lurusnya Ka’bah dan Maqom Ibrohim atau tempat lainnya yang disepakati. Dengan demikian, rombongan JCH yang besar (terdiri atas banyak orang) dapat dibagi-bagi dalam grup-grup kecil selama thowaf dan bergabung kembali di tempat yang disepakati setelah selesai thowaf. Setelah semua anggota JCH menyelesaikan thowafnya dan berkumpul kembali, baru menentukan atau melanjutkan ke kegiatan berikutnya.

(DON’T:) Jangan thowaf model ular-ularan hanya karena khawatir terpisah dari rombongan, karena thowaf model ini dapat mengganggu JCH lainnya. Jangan menghambat orang yang mau lewat dengan memotong barisan ular-ularan, hanya karena kekhawatiran kalau barisan terputus akan jadi terpisah-pisah. Jangan menabrak dan menggusur JCH lain yang sedang thowaf di depan kita karena mau bergabung dengan induk barisan ular-ularan yang terputus. Hal tersebut berpotensi menyakiti diri JCH lainnya yang sedang thowaf. Secara umum, baik thowaf sendirian atau bersama-sama dalam satu grup, usahakan sesedikit mungkin menyakiti JCH lain yang sedang thowaf. Jangan berbicara (ngobrol) yang tidak ada gunanya di dalam thowaf, terutama kalau thowaf bersama-sama dalam rombongan yang banyak, JCH cenderung ngobrol sendiri.

(8)    Selama thowaf, bagian Ka’bah yang secara syar’i boleh diusap atau dikecup hanyalah dua rukun (pojok) Yaman saja (satu pojok yang ada Hajar Aswad, yang lain – pojok yang tanpa Hajar Aswad).

(DO:) Jika memungkinkan usap atau kecuplah Hajar Aswad pada setiap awal putaran, atau umumnya cukup dengan isyaroh saja. Untuk rukun Yaman yang kedua, usaplah jika memungkinkan atau langsung saja mengganti bacaan doanya tanpa isyaroh ke Rukun Yaman.

(DON’T:) Jangan memaksakan untuk mengecup atau mengusap Hajar Aswad untuk setiap awal putaran. Tidak usah isyaroh ke Rukun Yaman yang kedua (yang tidak ada Hajar Aswadnya) jika tidak memungkinkan untuk mengusap. Isyaroh hanya ke Rukun Yaman yang ada Hajar Aswadnya saja.

(9)    Jika kita thowaf di Baitulloh, banyak JCH terlihat sedang mengusap-usap tembok Baitulloh dengan tangan atau kain dan selanjutnya mengusapkan tangan atau kainnya ke muka. Ada juga sekelompok JCH yang menangis dengan menempelkan pipi/tubuhnya ke tembok Baitulloh.

(DO:) Silakan mengusap atau mengecup Hajar Aswad dan mengusap Rukun Yaman yang tidak ada Hajar Aswadnya. Jika ingin menangis dan bersungguh-sungguh berdoa sambil menempelkan pipi dan badannya ke bangunan Baitulloh, lakukanlah di Multazam. Multazam merupakan bagian Ka’bah yang makbul untuk berdoa.

(DON’T:) Tidak usah mengusap-usap tembok Baitulloh dengan tangan atau kain dengan berharap kain atau tangan yang diusapkan akan mendapat barokah. Tidak usah menangis-nangis dengan menempelkan tubuh ke tembok Baitulloh karena tidak ada kefadholan khusus dari tindakan tersebut yang didasarkan pada penjelasan secara sya’i. Jangan bergelantungan di bawah pintu Ka’bah dan berdoa di sana karena di bawah pintu Ka’bah bukan tempat yang makbul.

(10) Jika JCH berencana untuk mencari kesempatan mencium Hajar Aswad atau ingin ke Multazam untuk berdoa, atau ingin ke Hijir Ismail untuk sholat sunnah sambil melaksanakan thowaf, maka

(DO:) Lakukanlah usaha untuk mencium Hajar Aswad, berdoa di Multazam, atau sholat sunnah di Hijir Ismailnya diakhir putaran thowaf (setelah putaran yang ke-7 selesai). Hal ini demi alasan praktis saja supaya mudah mengingat bahwa thowaf telah selesai 7 putaran dan tinggal sholat sunnah 2 roka’at di belakang Maqom Ibrohim. Ke-3 tempat tersebut biasanya mejadi rebutan orang sehingga JCH harus berdesakan untuk bisa berhasil mencapainya. Kalau rebutan tersebut dilakukan sebelum putaran thowaf selesai – bisa menjadi lupa berapa putaran yang telah terselesaikan akibat berebut menuju Hajar Aswad, Multazam atau Hijir Ismail.

Jika anda bertekad untuk mencoba mencium Hajar Aswad, maka menjelang putaran terakhir selesai

(DO:) bergeserlah menuju sedekat mungkin dengan bangunan Ka’bah. Setelah melewati Hajar Aswad dan kerumunan orang yang mengantri untuk mengecup, berbaliklah menuju Hajar Aswad (bhs Jawa: nrambul). Mengantrilah untuk mendapat giliran menuju pojok Hajar Aswad dari sisi Multazam. Usahakan dapat berpegangan pada tembok tempat berpijaknya Asykar (polisi) yang mengawasi Hajar Aswad dan menggeserlah menuju sasaran untuk mengecup Hajar Aswad. Usahakan jangan lupa untuk sebanyak mungkin terus membaca doa perlindungan (Allohummastur ‘auroti… dst) mulai sejak mengantri hingga mendapatkan giliran mengecup. Dalam mengantri supaya santai saja dan mengamati serta memanfaatkan situasi yang dihadapi (misalnya: jika ada JCH yang keluar sehabis mengecup Hajar Aswad, biasanya akan meninggalkan ruang kosong yang dapat dimasuki oleh JCH lainnya – manfaatkanlah!). Bergeserlah dan beri ruang bagi JCH yang selesai mengecup Hajar Aswad untuk keluar dan manfaatkan ruang kosong yang ditinggalkan untuk membawa diri anda lebih dekat ke Hajar Aswad. Jangan lupa untuk melengkapi thowaf anda dengan sholat sunnah 2 roka’at di belakang Maqom Ibrohim baik setelah berhasil atau gagal dalam usaha untuk mengecup Hajar Aswad.

(DON’T:) jangan memaksakan diri untuk mengecup Hajar Aswad jika situasi dan kondisi menurut pengamatan anda pribadi tidak memungkinkan. Jangan mengantri dari tembok sisi Rukun Yaman karena antrian panjang dan tidak maju-maju sehingga kemungkinan berhasil kecil atau lama, lebih baik nrambul dari sisi Hajar Aswad. Jangan menyakiti sesama JCH yang mengantri dengan main sikut atau main dorong yang akan membahayakan diri sendiri dan orang lain. Jangan mengantri di jalur JCH keluar – setelah berhasil mengecup Hajar Aswad. Jangan melawan secara frontal JCH yang akan keluar dengan mendesaknya. Jika setelah 30-45 menit anda mengantri belum ada titik terang kemungkinan akan berhasil atau tidaknya, batalkan usaha mengecup Hajar Aswad kali ini dan coba lagi lain waktu saja.

(11) Untuk melakukan thowaf, JCH harus dalam keadaan suci. Berarti jika kentut atau batal dari wudhu karena sebab lain

(DO:) perlu wudhu lagi terlebih dahulu sebelum melanjutkan thowaf kembali. Untuk berwudhu lagi, carilah tempat minum air Zam-Zam yang banyak tersebar di sekitar Masjidil Harom dan wudhu-lah di sana.

(DON’T:) Jangan berpura-pura masih suci karena malas untuk berwudhu kembali, dengan alasan “kan tidak ada orang yang tahu”. Ingat, anda sendiri dan Alloh SWT tahu bahwa anda telah kentut atau tidak suci dari wudhu karena sebab lain.

(12) Satu rangkaian thowaf terdiri atas 7 putaran mengelilingi Ka’bah dan diakhiri dengan sholat sunnah 2 roka’at di belakang Maqom Ibrohim. Untuk melancarkan selesainya thowaf maka

(DO:) jika posisi JCH ada di dekat bangunan Ka’bah, setelah putaran ke – 6 selesai maka pada putaran ke – 7 mulailah menggeser sedikit demi sedikit keluar (menjauh) dari bangunan Ka’bah. Dengan demikian, pada saat putaran ke – 7 selesai dan mendekati garis lurusnya Hajar Aswad, JCH telah berada di lingkaran paling luar dari para JCH lainnya yang sedang thowah. Ini akan memudahkan JCH keluar dan menuju tempat sholat di belakang Maqom Ibrohim tanpa mebahayakan diri sendiri serta tanpa menyakiti JCH lainnya. Jika pada putaran ke – 7 dari rangkaian thowaf JCH masih tetap berada di dekat bangunan Ka’bah, setelah mencapai garis lurusnya Hajar Aswad (selesai putaran ke – 7) maka tetaplah berjalam memutari Ka’bah sambil bergeser keluar menjauh dari bagunan Ka’bah. Setelah dapat keluar, berbaliklah menuju ke lokasi di belakang Maqom Ibrohim untuk sholat sunnah 2 roka’at.

(DON’T:) Ketika telah selesai putaran ke – 7, tetapi posisi JCH masih dekat dengan Ka’bah, jangan langsung memotong untuk keluar menuju belakangnya Maqom Ibrohim karena akan membahayakan diri sendiri dan menyakiti orang lain.

(13) Setelah selesai memutari Ka’bah sebanyak 7 putaran, selanjutnya thowaf diakhiri dengan sholat sunnah 2 roka’at di belakang Maqom Ibrohim.

(DO:) Carilah lokasi yang aman untuk sholat di belakang Maqom Ibrohim (lihat entry sebelumnya untuk definisi di belakang Maqom Ibrohim). Berdoalah sebanyak-banyaknya setelah sholat sunnah 2 roka’at karena tempat ini merupakan tempat yang makbul untuk berdoa.

(DON’T:) Jangan sholat sunnah 2 reka’at di sembarang tempat. Banyak JCH yang melaksanakan sholat sunnah 2 reka’atnya di dekat lampu hijau (garis awal mulai thowaf) sehingga membahayakan diri sendiri dan mengganggu JCH lain yang baru meyelesaikan thowaf dan sedang bergerak keluar menuju belakang Maqom Ibrohim. Jangan sholat sunnah 2 reka’at di tempat yang menjadi lintasan orang thowaf karena akan membahayakan diri sendiri dan JCH lain yang sedang thowaf. Tidak usah sholat sedekat mungkin dengan Maqom Ibrohim (misalnya: satu sujudan dari Maqom Ibrohim), selain membahayakan diri sendiri dan mengganggu JCH lain, jauh atau dekatnya jarak antara tempat sholat dengan Maqom Ibrohim tidak mempunyai pengaruh apa-apa. Yang penting dari posisi sholat kita, Maqom Ibrohim, dan Ka’bah dapat ditarik garis lurus yang melewati ke-3-nya.

(14) Jika thowaf yang dilakukan oleh JCH adalah Thowaf Khudum atau Thowaf Selamat Datang, maka

(DO:) tiga putaran pertama dari rangkaian tujuh putaran – dilakukan dengan cara “ngincik” atau lari-lari kecil sedangkan empat putaran sisanya dengan berjalan biasa. Namun demikian bisa tidaknya melakukan hal tersebut harus disesuaikan dengan kondisi dan situasi yang ada pada saat thowaf.

(DON’T:) Jangan memaksakan “ngincik” jika keadaan tidak memungkinkan. Pada musim haji, umumnya hal tersebut sulit dipraktekkan karena banyaknya JCH yang melakukan thowaf.

(15) Pilihan lokasi untuk melakukan thowaf: (a) Di halaman Ka’bah, mepet (dekat) dengan bangunan Ka’bah. Jarak dan waktu yang diperlukan untuk setiap putaran paling kecil tetapi biasanya padat dengan orang thowaf (berdesak-desakan). (b) Di halaman Ka’bah, lingkaran di luar Maqom Ibrohim. Jarak dan waktu yang diperlukan untuk setiap putaran lebih panjang tetapi biasanya relatif tidak berdesak-desakan. (c) Di bangunan masjid (yang beratap), baik di lantai 1, lantai 2 atau lantai 3. Jarak dan waktu yang diperlukan untuk setiap putaran paling panjang, relatif longgar dan tidak berdesak-desakan.

(DO:) Pilihlah lokasi thowaf yang sesuai dengan selera JCH. Jika thowaf berombongan, sebaiknya mengambil posisi thowaf di lokasi (b). Jika thowaf menggunakan kursi roda, sebaiknya mengambil posisi thowaf di lokasi (b) atau (c).

(DON’T:) Memaksakan thowaf di posisi lokasi (a) padahal kita phobia berdesak-desakan. Jangan mengambil posisi thowaf lokasi (a) jika berombongan atau memakai kursi roda. Moga-moga Alloh SWT paring manfaat dan barokah dan semoga informasi ini ada manfaatnya.

Next: Entry # 29 – Mekkah al-Mukarommah Day 9: Maqom Ibrohim

Previous: Entry # 27 – MEKKAH AL-MUKAROMMAH – DAY 7: THOWAF – Part 1

(Mekkah al-Mukarommah, 28 Oktober 2010)

Gbr. 1. Pembuatan Mapping Population pada tanaman kakao menghadapi kendala lamanya periode juvenil. Pada kakao, daya hasil buah (bijinya) mulai stabil setelah antara 5-7 tahun sejak ditanam di lapangan.

Pada tanaman setahun, pertumbuhan tanaman dari sejak perkecambahan, periode siklus pertumbuhan vegetatif, hingga siklus generatifnya relatif pendek (misalnya antara 4-6 bulan). Pembuatan berbagai macam tipe mapping population relatif mudah untuk dilakukan. Tetua P1 dan P2 yang homosigot dapat dihasilkan dalam waktu 1-3 tahun. Dengan demikian pembuatan populasi F2 intercross, F2 backcross, NIL, atau RIL tidak akan memerlukan waktu lama untuk mendapatkannya.

Sebaliknya, pada tanaman tahunan – siklus pertumbuhan dari sejak perkecambahan sampai dengan berbuah stabil dapat mencapai 5-7 tahun di lapangan (tergantung pada spesies tanamannya). Pada tanaman tahunan, pembuatan mapping population menjadi relatif sulit dilakukan karena akan memerlukan waktu yang sangat lama. Pada beberapa tanaman tahunan seperti kakao, karet, kelapa, kelapa sawit, dan kopi – membuat tanaman dalam kondisi homosigot melalui selfing akan memerlukan waktu yang sangat panjang.

Sebagai contoh: untuk membuat populasi F2-intercross pada tanaman kelapa, memerlukan waktu paling sedikit 20-30 tahun (terutama jika diinginkan untuk mempelajari karakter daya hasilnya). Demikian juga untuk membuat populasi F2-backcross, juga memerlukan waktu paling sedikit 20-30 tahun. Membuat populasi NIL atau RIL jelas lebih tidak memungkinkan lagi karena akan memerlukan waktu yang sangat panjang.

Dalam hal ini, pekerjaan harus dimulai oleh peneliti dari generasi saat ini dan secara bertahap dilanjutkan oleh generasi berikutnya (karena peneliti yang memulai kegiatan telah pensiun dan peneliti berikutnya yang harus melanjutkan kegiatannya!). Secara teknis hal ini sulit dilakukan mengingat regenerasi peneliti di Indonesia yang mau menekuni satu bidang tertentu secara terus-menerus lintas generasi relatif sulit.

Gbr. 2. Skenario pembuatan mapping population Pseudo-testcross dengan menggunakan tetua P1 yang heterozygous dan tetua P2 yang homozygous resesif untuk menghasilkan populasi F1 yang setara dengan populasi F2 backcross.

Pertanyaannya, lantas bagaimana jika kita ingin melakukan analisis linkage pada tanaman tahunan? Apakah ada alternatif populasi selain F2 intercross atau F2 backcross? Jawabannya ADA! yaitu penggunaan populasi PSEUDO-TESTCROSS. Dalam populasi pseudo-testcross, tetua P1 (dengan lokus yang alel-alelnya diasumsikan dalam kondisi heterosigot) disilangkan dengan tetua P2 (dengan lokus yang alel-alelnya diasumsikan dalam kondisi homosigot resesif) sehingga dihasilkan populasi F1 sebanyak 100 individu. Populasi F1 hasil persilangan P1 x P2 tersebut dapat dianggap setara dengan populasi F2-backcross, yang artinya: segregasi pada populasi F1 setara dengan segregasi pada populasi F2-backcross.

Gbr. 3. Proses pembuatan Mapping Population F2 Backcross dari tetua yang homosigot. Sebagai ilustrasi, tetua P1 (donor sifat resisten yang akan dipelajari) dan P2 sebagai tetua rentan.

Karena populasinya F1 tetapi dengan asumsi yang ada tersebut mempunyai segregasi yang sama dengan pola segregasi populasi F2-backcross maka populasi tersebut dikenal sebagai populasi Pseudo-Testcross – yang dapat digunakan sebagai mapping population dalam analisis linkage. Populasi pseudo-testcross banyak digunakan sebagai alternatif mapping population untuk mempelajari analisis linkage pada tanaman tahunan yang heterosigositas alel dalam lokus-lokusnya tinggi dan umur berbunga pertama kalinya panjang (7-10 tahun baru stabil berproduksi).

Dalam prakteknya, tetua P1 yang digunakan bisa sembarang tanaman yang mempunyai beberapa karakter fenotipik unggul tertentu (misalnya: tanaman yang resisten, toleran terhadap cekaman, berdaya hasil tinggi, atau kualitas produk yang bagus). Jika ingin memastikan bahwa tanaman tetua P1 yang digunakan mempunyai tingkat heterosigositas tinggi maka tetua P1 dapat dipilih diantara populasi F1 yang mempunyai sifat-sifat unggul sebagaimana disebutkan di atas.

Tetua P2 yang digunakan diharapkan mempunyai lokus yang sebanyak mungkin alelnya berupa: (1) “null allele” (tidak ada produk amplifikasi atau mempunyai skor [-] jika marker yang digunakan adalah marker dominan atau (2) mempunyai alel homosigot untuk salah satu alel dari tetua P1-nya (i.e. jika P1 alelnya 12, P2-nya 11 atau 22) atau mempunyai pasangan alel yang sama sekali berbeda dengan tetua P1-nya (i.e. jika P1 alelnya 12, P2-nya 33, 34 atau pasangan alel lainnya yang bukan 12 – pada setiap lokus yang dianalisis) jika marker yang digunakan adalah marker co-dominan.

Dalam populasi pseudo-testcross, hanya diperlukan sebanyak 90-100 individu tanaman F1 seperti pada populasi F2-backcross (ini merupakan poin positif dari pseudo-testcross). Populasi pseudo-testcross dapat dihasilkan hanya dengan satu kali persilangan terkontrol saja (poin positif dari pseudo-testcross). Karena heterosigositas P1 dan P2 tidak diketahui, agar dapat digunakan dalam analisis linkage maka pada populasi F1 – masing-masing lokusnya harus bersegregasi 1 : 1 untuk skor (+) : skor (-). Jika segregasinya tidak 1:1 maka lokus yang bersangkutan tidak dapat digunakan atau harus dikeluarkan datanya dari data set untuk analisis linkage. Karena segregasi 1:1 yang demikian itu hanya dihasilkan jika tetua P1-nya heterosigot dan tetua P2-nya homosigot untuk masing-masing lokusnya, maka segregasi 1:1 pada populasi F1 dapat digunakan sebagai penduga genotipe tetua P1 dan P2-nya.

Untuk itu, tahapan kegiatan yang perlu dilakukan antara lain :

1. Skoring marker molekuler pada tetua P1 dan P2 untuk mengidentifikasi lokus-lokus yang mempunyai marker yang P1-specific (muncul/skor [+] pada tetua P1 dan tidak muncul/skor [-] pada tetua P2) serta yang P2-specific (muncul/skor [+] pada tetua P2 dan tidak muncul/skor [-] pada tetua P1).
2. Skoring marker molekuler pada populasi F1 untuk lokus-lokus yang diketahui sebagai P1 specific. Setelah skoring, dilanjutkan dengan analisis segregasi untuk menentukan lokus-lokus yang segregasinya 1 : 1 untuk skor (+) : skor (-) menggunakan model genetik Mendel dan uji Chi-square.
3. Memilih lokus-lokus yang dapat digunakan dalam analisis linkage dan membuang lokus-lokus yang tidak dapat digunakan. Hanya lokus yang segregasinya 1 : 1 untuk skor (+) : skor (-) pada populasi F1 yang dapat dipilih dan digunakan untuk tahahan berikutnya. Jika lokusnya tidak bersegregasi 1:1 untuk skor (+) : skor (-) pada populasi F1 maka lokus yang bersangkutan tidak dapat digunakan dalam analisis linkage (ini merupakan point negatif Pseudo-testcross).
4. Melakukan analisis linkage untuk lokus-lokus yang bersegregasi 1:1 pada populasi F1. Pengelompokkan lokus-lokus yang bersegregasi 1:1 ke dalam linkage group tertentu dilakukan dengan bantuan perangkat lunak dan komputer.

Berikut disajikan contoh data pada tetua P1, tetua P2, dan populasi F1 yang dihasilkan dengan menggunakan populasi Pseudo-testcross dan bisa tidaknya lokus yang dicontohkan untuk digunakan dalam analisis linkage:

Tabel 1: Contoh Data – RAPD Marker (yang juga berlaku untuk marker dominan lainnya seperti ISSR dan AFLP).

No.   Skor P1  Skor P2  Segregasi skor(+):skor(-) pd. F1  Keterangan

1.         +             –          P1-specific: (+):(-)=1:1                                 OK
2.         +             –          P1-specific: (+):(-)=3:1                                 NO
3.         +             –          P1-specific: (+):(-)=15:1                               NO
4.         +            +          100% skor (+)                                                NO
5.         –              –          100% skor (-)                                                NO
6.         –             +          P2-specific: (+):(-)=1:1                                 OK
7.         –             +          P1-specific: (+):(-)=3:1                                 NO
8.         –             +          P1-specific: (+):(-)=15:1                               NO

Dari Tabel 1 di atas, Data No. 1-3 dan 6-8 merupakan data marker yang polimorfik sedangkan data No. 4-5 merupakan data marker yang monomorfik. Data No. 1-3 merupakan marker yang P1 specific (muncul pada tetua P1 dan tidak muncul pada tetua P2) sedangkan No. 6-8 merupakan marker yang P2 specific (muncul pada tetua P2 dan tidak muncul pada tetua P1).

Dari data no. 1-3 yang P1 specific, lokus pada No. 1 bersegregasi 1:1 untuk skor (+) : skor (-), sedangkan No. 2 dan 3 masing-masing bersegregasi 3:1 dan 15:1. Dari data No. 6-8 yang P2 specific, lokus pada No. 6 bersegregasi 1:1 untuk skor (+) : skor (-), sedangkan No. 7 dan 8 masing-masing bersegregasi 3:1 dan 15:1.

Berdasarkan berbagai hal tersebut di atas, maka: (1) lokus No. 1 dapat digunakan untuk analisis linkage genom tetua P1 (karena markernya polimorfik, P1 specific, dan bersegregasi 1:1 pada populasi F1), (2) lokus No. 6 dapat digunakan untuk analisis linkage genom tetua P2 (karena markernya polimorfik, P2 specific, dan bersegregasi 1:1 pada populasi F1), (3) Lokus No. 2 dan 3 serta No. 7 dan 8 – tidak dapat digunakan untuk analisis linkage genom tetua P1 atau tetua P2 karena segregasinya tidak 1:1, (4) Lokus No. 4 dan 5 merupakan lokus yang monomorfik sehingga tidak dapat digunakan dalam analisis linkage.

Tabel 2: Contoh Data – SSR Marker (yang juga berlaku untuk marker co-dominan lainnya seperti SSCP dan SCAR markers).

No.   Skor P1  Skor P2  Segregasi pasangan alel pd. F1  Keterangan

1.        12            11        P1 specific (12):(11)=1:1                          OK
2.        12            22        P1 specific (12):(22)=1:1                         OK
3.        12            34        P1 specific (1-):(2-)=1:1                          OK
4.        11             11        Monomorphic                                           NO
5.        12            12        Segregasi (11):(12):(22)=1:2:1               NO
6.        22            22       Monomorphic                                            NO
7.        11             12       P2 specific (12):(11)=1:1                          OK
8.        22            12        P2 specific (12):(22)=1:1                         OK
9.        34            12        P2 specific (1-):(2-)=1:1                          OK

Dari Tabel 2 di atas, Data No. 1-3 dan 7-9 merupakan data marker yang polimorfik sedangkan data No. 4 dan No. 6 merupakan data marker yang monomorfik. Data No. 5 – lokus kedua tetuanya heterosigot, sehingga mengikuti model F2 intercross. Data No. 1-3 merupakan marker yang P1 specific (muncul heterosigot pada tetua P1 dan homosigot pada tetua P2; kecuali No. 3 – yang alelnya sama sekali berbeda dengan tetua P1-nya) sedangkan No. 7-9 merupakan marker yang P2 specific (muncul heterosigot pada tetua P2 dan homosigot pada tetua P1; kecuali No. 9 – yang alelnya sama sekali berbeda dengan tetua P2-nya).

Pada data No. 1-2 yang P1 specific, populasi F1-nya bersegregasi 1:1 untuk masing-masing genotipe. Dari data No. 7-8 yang P2 specific, pada populasi F1-nya juga bersegregasi 1:1 untuk masing-masing genotipe. Sedangkan untuk data No. 3 dan No. 9, segregasi genotipe (1- [13 dan 14]) : (2- [23 dan 24])=1:1.

Berdasarkan berbagai hal tersebut di atas, maka: (1) lokus No. 1 -3 dapat digunakan untuk analisis linkage genom tetua P1 (karena markernya polimorfik, P1 specific, dan genotipenya bersegregasi 1:1 pada populasi F1), (2) lokus No. 7-9 dapat digunakan untuk analisis linkage genom tetua P2 (karena markernya polimorfik, P2 specific, dan genotipenya bersegregasi 1:1 pada populasi F1), (3) Lokus No. 5 – tidak dapat digunakan untuk analisis linkage genom tetua P1 atau tetua P2 segregasi genotipenya tidak 1:1 pada populasi F1, (4) Lokus No. 4 dan 6 merupakan lokus yang monomorfik sehingga tidak dapat digunakan dalam analisis linkage.

Dari semua penjelasan di atas dapat ditarik kesimpulan bahwa: Pseudo-testcross dapat digunakan sebagai alternatif mapping population pada tanaman tahunan. Kelebihan populasi Pseudo-testcross antara lain: (a) dapat digunakan sekaligus untuk memetakan genom tetua P1 ataupun genom tetua P2 dengan menggunakan satu mapping population, (b) cukup melakukan satu kali persilangan terkontrol untuk memproduksi populasi F1 tetapi populasinya dapat diasumsikan sebagai populasi F2-backcross, dan (3) hanya memerlukan antara 90-100 individu untuk membuat mapping population. Adapun kekurangan populasi Pseudo-testcross antara lain: (a) tidak semua lokus yang polimorfik dapat digunakan dalam linkage analysis, (b) hanya lokus yang bersegregasi 1:1 pada populasi F1 yang dapat digunakan dalam linkage analysis, dan (c) jika linkage analysis ditargetkan pada tetua tertentu (misalnya analisis untuk genom P1) maka tidak semua lokus yang bersegregasi 1:1 dapat digunakan untuk analisis linkage (hanya yang P1 specific saja karena targetnya menganalisis genom P1).

Semoga ulasan dari beberapa pertanyaan yang sering mengemuka dalam diskusi di kelas atau ketika membaca thesis/disertasi mahasiswa SPS IPB tersebut ada manfaatnya. Semoga juga dapat menjadi sepotong kecil ‘gading atau belang yang dapat ditinggalkan bagi kolega yang membacanya. Feedback dan masukan dari teman-teman sangat diharapkan untuk meningkatkan pemahaman bersama, silakan berikan feedback dan masukan di kolom komentar.

Baca juga (Read also):

• Q & A: Mapping Population Versus Association Map (Association Linkage) Analysis
• Q and A: Mapping Population Part 2 – F2 Intercross
• Q and A: Mapping Population Part 3 – F2 Backcross dan-populasi-yang-terkait
• Q & A: Apakah Tanaman yang Diperbanyak Secara Vegetatif, Baik Tetua P1 atau P2 dan Silangan F1-nya, Dapat Digunakan untuk Membuat Mapping Population untuk Studi Marker Molekuler?
• Q and A: Mapping Population Part 4 – Pseudo-Testcross
• Q and A: Mapping Population Part 5 – Bulk Segregant Analysis (BSA)

Bagi kolega yang tertarik untuk menghiasi Blog-nya dengan World Map Counter, silakan klik link WMP atau Peta diatas. Sangat bagus untuk tahu dari mana saja hit yang terjadi pada blog anda. Setahu saya, gratis dan tidak harus membayar… Informasi ini bukan promosi dan bagi kolega yang menggunakannya atas resiko sendiri, admin pmblab.wordpress.com tidak bertanggung jawab pada akibat negatif yang mungkin terjadi…..

Lokasi Maqom Ibrohim yang disungkup dengan bangunan kaca. Lokasinya ada disisi pintu Ka'bah. Maqom Ibrohim termasuk salah satu bangunan di sekitar Ka'bah yang diagungkan oleh jama'ah calon haji dan termasuk salah satu sya'irulloh (tanda-tanda kebesaran Alloh SWT.).

Maqom Ibrohim tidak sama dengan makam (kuburan), tetapi merupakan batu tempat berpijak Nabi Ibrohim ketika membangun Ka’bah. Pada batu tersebut terdapat dua lubang sebagai bekas berpijak sepasang kaki.

Posisi keberadaan Maqom Ibrohim adalah di sisi tembok Ka’bah, kira-kira tengah-tengah antara pojok Hajar Aswad dan Hijir Ismail. Dari tembok Ka’bah ke Maqom Ibrohim jaraknya kira-kira 10-15 m. Kondisi Maqom Ibrohim saat ini sudah disungkup dengan bangunan kaca dan berbentuk rumah kecil.

Maqom Ibrohim - berupa batu dengan bekas pijakan sepasang kaki. Menurut ceritera, Maqom Ibrohim adalah batu yang digunakan sebagai "pancatan (Jawa)" oleh Nabi Ibrohim ketika membangun Ka'bah.

Maqom Ibrohim mempunyai posisi penting dalam kaitannya dengan thowaf. Setiap rangkaian ibadah thowaf diakhiri dengan sholat sunnah dua roka’at di belakang Maqom Ibrohim. Yang dimaksud dengan di belakang Maqom Ibrohim adalah posisi dimana kita bisa menarik garis lurus dari Ka’bah, Maqom Ibrohim, dan posisi sholat kita. Jarak antara posisi sholat kita dengan Maqom Ibrohim boleh dekat (misalnya satu sujudan atau sekitar 1 m) atau jauh (tempat yang sekiranya aman untuk melakukan sholat sunnah dua rokaat) dari Maqom Ibrohim. Yang penting bukan jaraknya tetapi dari posisi kita sholat, Maqom Ibrohim dan Ka’bah tetap bisa ditarik garis lurus.
Beberapa hal yang sering kurang pas yang dilakukan oleh JCH dan hal-hal yang sebaiknya dilakukan, berkaitan dengan Maqom Ibrohim antara lain:

(a) DON’T: Mengusap-usap bangunan Maqom Ibrohim dengan tangan atau kain untuk mengharapkan kebarokahan dari bangunan Maqom Ibrohim. Hal ini sebaiknya tidak dilakukan.

(b) DON’T: Sholat sunnah 2 roka’at dengan jarak satu sujudan dari Maqom Ibrohim (memaksakan sedekat mungkin dengan bangunan Maqom Ibrohim). Hal ini sebaiknya tidak dilakukan karena membahayakan diri sendiri atau mengganggu JCH yang lain.

(c) DO: Carilah tempat sholat sunnah yang aman dari kemungkinan tertabrak oleh JCH lain yang sedang thowaf dan supaya dapat berdoa dengan tenang.

(d) DO: Lokasi di belakang Maqom Ibrohim merupakan lokasi yang makbul setelah Multazam. Untuk itu ketika habis sholat sunnah dua reka’at di belakang Maqom Ibrohim, berdoalah sebanyak mungkin untuk seluruh ummat Islam, untuk keluarga, dan untuk diri sendiri, serta untuk siapa saja yang barangkali menitipkan doa kepada JCH.

Moga-moga Alloh SWT paring manfaat dan barokah dan semoga informasi ini ada manfaatnya.

Next: Entry # 30 – Mekkah al-Mukarommah Day 10: Multazam vs. Pintu Ka’bah.

Previous: Entry # 28

(Mekkah al-Mukarommah, 29 Oktober 2010)

Bangunan Ka'bah dan lokasi dari Multazam, Maqom Ibrahim dan Pintu Ka'bah. Multazam dan 'Belakang' Maqom Ibrohim merupakam tempat yang ma'bul untuk berdoa.

Siapa yang ingin, dalam berdoa kepada Alloh SWT, dapat berkomunikasi dengan menggunakan jalur bebas hambatan dan dapat makbul doanya? Jawabannya, tentu semua orang menginginkan dan tidak ada satu orangpun yang akan menolaknya jika memang hal tersebut dapat dilakukan.

Well… berbahagialah bagi jama’ah calon haji (JCH) yang bisa datang ke kota Mekkah, mengunjungi Masjidil Harom, dan menyambangi Baitulloh (Ka’bah). Karena di salah satu bagian bangunan Ka’bah ada satu lokasi yang dapat menjadi jawaban bagi orang yang menginginkan jalur bebas hambatan dan makbul doanya, yaitu di lokasi yang disebut “Multazam.”

Menurut informasi yang kami peroleh, Multazam adalah bagian dari Ka’bah yang posisinya berada diantara Hajar Aswad dan Pintu Ka’bah. Kalau diukur lebarnya, lokasi Multazam tidaklah lebih lebar dari 3 meter. Belum lagi di sebagian lokasi tersebut dibuat sebagai tempat Asykar berdiri dan mengawasi JCH yang berebut untuk mengecup Hajar Aswad. Jadi praktis lokasi Multazam tidaklah terlalu lebar.

Kalau kita pergi ke Masjidil Harom dan menyaksikan dengan mata kepala sendiri pada Baitulloh (Ka’bah), maka kita akan menyaksikan konsentrasi JCH di salah satu sisi di sekitar Hajar Aswad karena JCH ingin mengecup Batu Hitam tersebut, di bawah pintu Ka’bah – di mana banyak orang berebut untuk bergelantungan dan berdoa di bawahnya, dan lebih sedikit JCH yang mengantri untuk berdoa di lokasi Multazam.

Loh… kok malah sedikit yang mengantri untuk berdoa di Multazam? (well… yang kami maksud sedikit bukan berarti satu dua orang saja sehingga seolah-olah memberi kesan sangat mudah untuk mencapai Multazam. Jangan salah terima karena tetap akan memerlukan perjuangan untuk bisa sampai ke Multazam!). Kenapa malah lebih banyak orang yang mengantri untuk berebut dan bergelantungan di Pintu Ka’bah?

Bahkan ada salah satu JCH warga dari Yayasan Multazam, Kota Bogor yang berdesakan dengan JCH dari negara lain di sekitar Multazam dan Pintu Ka’bah. Dikira JCH warga dari Yayasan Multazam, Kota Bogor, orang tersebut berebut menuju lokasi yang sama, yaitu Multazam sehingga dianggap sebagai kompetitor. Secara tidak sengaja, warga dari Yayasan Multazam, Kota Bogor tersebut bertanya kepada JCH dari negara lain, ke mana tujuan dia? Dijawab oleh JCH dari negara lain bahwa dia menuju ke pintu Ka’bah. JCH warga dari Yayasan Multazam, Kota Bogor pun menyebutkan bahwa dia mau ke lokasi Multazam. Akhirnya justru warga dari Yayasan Multazam, Kota Bogor tadi dipersilakan mengambil jalannya dan dibantu mencapai Multazam. Yang tadinya dikira memperebutkan tempat yang sama, ternyata menuju dua tempat yang berbeda.

Kembali ke pertanyaan kenapa banyak orang mengantri untuk berdoa di bawah pintu Ka’bah? Dugaan kami, banyak JCH mengira bahwa lokasi di bawah pintu Ka’bah adalah Multazam atau bagian dari Multazam. Kemungkinan lain, banyak JCH yang mengira bahwa lokasi di bawah pintu Ka’bah merupakan lokasi yang makbul untuk berdoa. Mana yang benar dari kedua dugaan tersebut, wallohu a’lam, hanya Alloh SWT saja yang tahu.

Kembali ke masalah Multazam, lokasi yang benar dari Multazam mestinya adalah antara Hajar Aswad dan Pintu Ka’bah. Sehingga berdasarkan definisi tersebut, lokasi di bawah pintu Ka’bah tidak termasuk area yang disebut Multazam. Kalau Multazam, memang disebutkan dalam riwayat sebagai tempat yang Makbul untuk berdoa. Sebaliknya belum ada satu riwayatpun yang pernah kami dengar yang menyebutkan bahwa lokasi di bawah pintu Ka’bah adalah lokasi yang makbul untuk berdoa. Dengan demikian, lain kali JCH datang ke Masjidil Harom dan mencari lokasi untuk berdoa yang Makbul, maka datanglah ke Multazam dan bukan ke bawah pintu Ka’bah.

Untuk berdoa di Multazam, ternyata ada tata cara yang sudah dicontohkan oleh Rosulalloh SAW. Dalam hal ini, jika memungkinkan JCH supaya menempelkan seluruh tubuhnya dan salah satu pipinya ke Multazam, tangan kanan mengarah ke atas (di atas kepala) dan tangan kiri menjuntai ke bawah – ke duanya menempel dengan telapak tangan mengarah/menempel ke Multazam. Setelah itu silakan berdoa selama waktu memungkinkan dan sebanyak doa yang diinginkan. Baik doa untuk seluruh orang iman, bagi para jama’ah, bagi para pengatur, bagi keluarga, bagi semua jama’ah yang menitipkan doa dan jangan lupa bagi dirinya sendiri.

Nah… ada anekdot yang berkaitan dengan berdoa di Multazam yang dilakukan oleh sepasang suami istri. Jika doa sang suami dan sang istri kebetulan isinya sama, maka tidak ada masalah. Karena meskipun doa keduanya dikabulkan oleh Alloh, toh isinya sama. Yang menjadi masalah adalah kalau doa sang suami ternyata berlawanan dengan doa sang istri. Misalnya sang suami berdoa di Multazam untuk meminta kepada Alloh agar diberi A bagi dirinya, sedangkan sang istri juga berdoa di Multazam untuk meminta kepada Alloh agar suaminya jangan diberi A. Nah… bagaimana ini jawabannya? Wallohu a’lam, hanya Alloh yang tahu jawabannya.

Sebuah catatan akhir bagi JCH yang sudah berdoa di Multazam, tapi bertanya-tanya: “mengapa ya, doa saya di Multazam kok sepertinya tidak kunjung dijawab oleh Alloh?” Bagi JCH yang merasakan hal tersebut, maka supaya diketahui bahwa Alloh mengabulkan doanya seorang hamba melalui berbagai cara, antara lain dengan: (a) langsung memenuhi apa-apa yang diminta oleh hamba sesuai dengan isi doanya (langsung dijawab doanya), (b) tidak memenuhi apa yang diminta, tetapi menggantinya dengan yang lebih baik/lebih barokah bagi hambanya (Alloh lebih tahu mana yang lebih barokah bagi hambaNya), atau (c) menundanya dan menggantinya dengan kebaikan di akhirat nantinya. Oleh karena itu, bagi JCH yang sudah berdoa di Multazam tetapi merasa bahwa doanya belum dikabulkan oleh Alloh, jangan khawatir karena bagi anda justru tersedia yang lebih baik daripada apa-apa yang anda telah berdoa. Moga-moga Alloh SWT paring manfaat dan barokah dan semoga informasi ini ada manfaatnya.

Next: Entry # 31 – Mekkah al-Mukarommah Day 11: Sai Shofa – Marwah.

Previous: Entry # 29 – MEKKAH AL-MUKAROMMAH – DAY 9: MAQOM IBROHIM

(Mekkah al-Mukarommah, 30 Oktober 2010)

Dunia ini hanyalah sebutir debu dalam kumpulan jagat raya ini. Namun demikian, banyak orang tidak menyadari sehingga menganggap bahwa dunia ini merupakan hal yang terpenting dan sebagai akhir dari segalanya. Padahal, dengan hancurnya dunia pada hari Kiamat nanti diyakini sebagai awal dari dimulainya alam akherat. Sumber gambar: http://www.sumintar.com/tatanan-dunia-baru.html

Ketika berbicara antara reward and pubishment di dunia umumnya dan di Indonesia khususnya, sering kita melihat adanya paradoks dan ketidakadilan. Sudah sering kita dengar dan baca berbagai fenomena yang menurut nalar dan pikiran orang awam, sangat tidak bisa diterima. Namun demikian, fenomena seperti itu sungguh sering kita dengar, baca, dan saksikan terjadi.

Coba kita simak beberapa paradoks dan ketidakadilan perkara yang terjadi terkait dengan urusan di dunia ini:

Case 1: Di salah satu daerah di Sulawesi, ada seorang anak yang dituduh mencuri sepasang sendal. Anak tersebut akhirnya dituntut di pengadilan dengan tuntutan maksimum lima (5) tahun penjara.

Case 2: Ada seorang matan pejabat/anggota DPR yang dituduh melakukan korupsi uang negara yang jumlahnya milyaran rupiah. Dia juga dituntut hukuman maksimum yang sama (lima tahun penjara) dan bahkan divonis hukuman yang hanya 1-2 tahun saja.

Case 3: Orang yang bekerja sebagai kuli panggul di pasar, dia betul-betul menguras tenaga dan membating tulang dalam melaksanakan pekerjaannya setiap hari. Berapa hasil (reward) yang dia dapat? Paling pol hanya Rp. 50-100 ribu per harinya, atau bahkan kurang. Dia berpanas-panas dan tidak punya fasilitas apa-apa dalam menjalankan tugasnya untuk bayaran yang tidak seberapa. Sebaliknya, sang mandor yang menjadi atasan kuli panggul tersebut, kerjaannya hany tunjuk sana-tunjuk sini tanpa mengeluarkan sedikitpun tenaganya tetapi justru mendapatkan upah bulanan yang jauh lebih besar daripada kuli panggul bawahannya.

Case 4: Seorang anggota legislatif, yang bagi orang awam kelihatannya tidak harus menguras tenaga dan membating tulang dalam melakukan tugasnya tetapi diberikan fasilitas yang relatif istimewa untuk ukuran rakyat Indonesia umumnya. Berapa hasil yang didapatkan? Puluhan atau bahkan ratusan juta per bulannya barangkali akan dengan mudah bisa didapatkan.

Case 5: Dalam dunia MLM, ada istilah UPLINE versus DOWNLINE. Pada umumnya, orang-orang yang termasuk ke dalam kelompok UPLINE, tidak lagi perlu bekerja keras, cukup hanya menjaga jaringan yang sudah dibina dan dimulainya. Sebaliknya, yang menjadi DOWNLINE harus kerja keras memasarkan produk yang dijual dan membuat jaringan baru.

Dari sisi reward, DOWNLINE yang kerja keras sehari-harinya mendapatkan reward yang relatif kecil. Sebaliknya, UPLINE yang kerjanya relatif sedikit justru mendapatkan hasil yang jauh lebih besar, bahkan berlipat-lipat besarnya.

Kesimpulannya: itulah sedikit gambaran paradoks antara reward and punishment yang terjadi di dalam kehidupan manusia di dunia ini. Yang bekerja keras, belum tentu yang mendapatkan reward maksimal dari yang kerjanya hanya relatif ringan-ringan saja. Demikian juga, orang yang melakukan pelanggaran besar, belum tentu mendapat hukuman yang lebih berat dibadingkan dengan hukum orang lain yang mungkin ringan. Justru yang terjadi seringkali adalah sebaliknya, yang melanggar ringat dihukum berat dan yang melanggar besar, dengan satu atau beberapa pertimbangan justru mendapatkan hukuman yang ringan.

Bagaimana dengan urusan akherat? apakah sama polanya dengan reward and punishment dalam perkara dunia? Coba kita simak bagaimana reward and punishment di akherat nantinya:

Case 1: Seorang yang melakukan pelanggaran kecil (dosa kecil) di dunia, jika belum tobat – nanti di akherat PASTI akan mendapatkan siksa yang setara dengan dosanya.

Case 2: Seorang yang melakukan pelanggaran berat (dosa besar), seperti melakukan perbuatan zina, nanti di akhirat juga akan disiksa dengan siksaan yang berat sesuai dengan besarnya dosa yang telah dilanggarnya.

Case 3: Seorang yang miskin dan tidak punya kedudukan atau pangkat di dunia tetapi dikenal sebagai ahli ibadah. Orang miskin itu diibaratkan sebagai membanting tulang dan menguras tenaga untuk melakukan ibadah sesuai dengan syariat agamanya. Maka di akhirat nanti, dia akan mendapatkan balasan pahala yang sangat besar sesuai dengan amal ibadahnya di dunia. Meskipun di dunianya dia hanyalah orang biasa dan tidak berpangkat, tetapi ketekunannya dalam beribadah akan dibalas dengan pahala yang besar oleh Alloh SWT. di akherat nanti.

Case 4: Ketika satu kelompok jama’ah bekerjasama di dunia untuk membangun masjid yang megah. Satu orang diantaranya memposisikan diri sebagai komandan (maksudnya hanya perintah-perintah saja!) sedangkan jama’ah yang lain bekerja keras untuk mewujudkan bangunan masjid. Meskipun di dunianya, si komandan dipandang sebagai orang penting dan dihormati dalam kaitannya dengan proses pembangunan masjid tersebut.

Di akhirat nanti, reward pahala yang akan didapatkan tidak tergantung pada pentingnya kedudukannya di dunia tetapi tergantung pada berapa besar amalannya di dunia. Si komandan yang hanya perintah-perintah saja ya akan mendapatkan pahala setara dengan amalannya. Sebaliknya, anak buahnya yang bekerja keras akan mendapatkan pahala yang banyak sesuai dengan amalannya, meskipun di dunianya dia tidak mempunyai pangkat atau bahkan rendah derajadnya di mata manusia yang lain.

Kesimpulannya: itulah gambaran antara reward and punishment yang terjadi di akherat nanti. Yang bekerja keras dalam ibadah, PASTI akan mendapatkan reward pahala yang maksimal dan yang ibadahnya relatif ringan-ringan saja juga akan dibalas dengan pahala yang setara kecilnya. Sebaliknya, orang yang melakukan pelanggaran berat, PASTI akan mendapatkan siksa yang lebih berat dibadingkan dengan orang yang melakukan dosa ringan.

Itulah perbedaan perkara yang terkait dengan urusan dunia versus yang terkait dengan urusa akherat. Orang bisa saja terbebas dari punishment atau bahkan mendapatkan reward ketika melakukan kesalahan di dunia. Tetapi di akherat nanti, Alloh SWT. PASTI akan memberikan reward bagi orang yang melakukan ibadah dan PASTI akan memberikan punishment bagi orang yang berdosa. Reward and punishmentnya PASTI akan berbanding lurus dengan besarnya amalan dan dosa yang diperbuat selama di dunia.

Untuk itu, cobalah kita masing-masing introspeksi. Kita ukur reward and punishment yang akan kita dapatkan di akherat nanti dengan menimbang amal kebaikan dan dosa yang telah kita perbuat dalam hidup kita selama ini. Itulah barangkali maksud dari nasehat agama: yang isinya kira-kira “Khisablah (hitunglah) sendiri amalanmu sebelum dikhisab Alloh SWT. di akherat nanti”

Demikianlah salah satu hasil perenungan di akhir tahun 2011 dan dalam rangka mengawali tahun 2012. Semoga hasil renungan yang telah diposting tersebut ada manfaatnya. Semoga juga dapat menjadi sepotong kecil ‘gading atau belang’ yang dapat ditinggalkan bagi kolega yang membacanya.

Banyak orang di akhir tahun dan dalam rangka menyambut awal tahun yang baru - mengadakan pesta-pesta dan perayaan. Sedikit dari mereka yang mencoba merenungkan dan menggunakan momen tersebut untuk melakukan introspeksi diri.

Setiap mengakhiri tahun yang lama (i.e. 2011) dan mengawali tahun yang baru (i.e. 2012), ada baiknya kita lakukan perenungan dan mencari pencerahan. Ada satu fenomena menarik dalam hidup manusia – yang biasanya disibukkan dengan segala tetek bengek urusan hidup sehari-hari, yaitu: “kebanyakan mereka tidak menyadari apa-apa yang mereka punya sampai saatnya dia kehilangan yang dia punyai tersebut.“

Pada awalnya saya bingung mendengar pernyataan tersebut. Tetapi disisi lain ada juga perasaan curious (tertarik dan penasaran) pada maksud pernyataan yang dilayangkan. Barangkali ilustrasi berikut dapat membantu menjelaskan apa maksud dari ungkapan diatas.

Untuk tetap sehat, jantung membutuhkan oksigen dan zat-zat gizi lainnya. Jika pembuluh darah tersumbat maka supply oksigen dan zat gizi menjadi terhambat dan bisa berakibat gagal jantung. Sumber gambar: http://kumpulan.info/sehat/artikel-kesehatan/48-artikel-kesehatan/189-mengatasi-penyakit-jantung-dan-serangan-jantung.html

Case 1: Banyak Teman-teman Dekat yang Masih Relatif Muda Meninggal Akibat Gangguan Jantung.

Jantung yang berdetak di dalam dada kita masing-masing telah ada bahkan sejak kita masih dalam kandungan. Dengan berjalannya waktu, ada diantara kita yang menjaganya dengan baik dan ada yang tidak. Bagi yang tidak, maka secara perlahan-lahan akan mengalami gangguan fungsi dan akhirnya bisa terjadi gagal jantung, yang bahkan dapat berakhir dengan kematian.

Sadarkah kita bahwa gangguan fungsi jantung atau gagal jantung itu tidak terjadi dalam semalam! Bahwa penyakit tersebut terjadinya progressive (perlahan-lahan dan berkembang dalam waktu yang lama)! Bahwa kalau kita sedikit aware tentang jantung yang kita punya, insyaAlloh hal itu bisa dicegah.

Karena kita lupa dan tidak menyadari pentingnya jantung milik kita maka kita tidak menjaganya dengan baik. Kita baru sadar pentingnya menjaga ‘milik kita’ tersebut ketika gangguan jantung atau gagal jantung telah datang dan mengambil alih fungsi normal jantung kita.

Oleh karena itu, ketika anda dihadapkan pada makanan berlemak, meski membangkitkan selera dan nikmatnya tiada tara – ingatlah jantung “milik kita” masing-masing. Demikian pula hal-hal lain, yang sekiranya dapat mengganggu fungsi jantung – janganlah dilakukan.

Case 2: Beberapa Kerabat yang Relatif Masih Muda sudah Terserang Penyakit Diabetis (Sakit Kencing Manis)

Pankreas merupakan organ penting dalam tubuh manusia. Kegagalan fungsi pankreas dapat menyebabkan penyakit kencing manis. Gambar diadaptasi dari http://www.klikdokter.com/userfiles/pankreas2.jpg

Pernahkah anda tahu bahwa dalam rongga perut kita ada organ kecil yang bernama PANKREAS? Tahukah anda berapa besarnya ukuran organ pankreas itu? Tahukah anda bahwa dari organ pankreas itu, disekresikan ke dalam darah kita senyawa yang disebut hormon insulin – yang fungsinya mengatur keseimbangan kadar gula dalam darah kita?

Kebiasaan makan dan minum yang kita lakukan dapat membuat organ pankreas bekerja ekstra keras untuk menjaga keseimbangan kadar gula dalam darah. Kita minum teh atau kopi, kalau tidak manis rasanya kurang enak (kurag mantab!).  Belum lagi kebiasaan ngemil makanan kecil yang manis-manis dan banyak mengandung gula. Tanpa terasa, semua hal itu kita lakukan setiap hari dan bahkan setiap waktu.

Sadarkah kita bahwa kalau kita memaksa pankreas bekerja keras setiap hari, untuk mensekresikan hormon insulin – maka organ tersebut bisa saja mengalami gangguan? Dan ketika pankreas terganggu alias tidak lagi mampu memproduksi hormon insulin, maka akan menyebabkan munculnya penyakit diabetis (penyakit kencing manis).

Sadarkah kita bahwa gangguan organ pankreas umumnya tidak terjadi semalam? Bahwa gangguan tersebut bersifat progressive? Bahwa kalau kita sedikit aware tentang fungsi organ pankreas yang kita punya, insyaAlloh hal tersebut dapat dicegah? Karena kebanyakan kita tidak menyadari pentingnya fungsi organ pankreas, maka semua hal yang berpotensi dapat mengganggu organ pankreas tersebut tetap saja dilakukan dalam keseharian kita. Kita baru sadar pentingnya menjaga “milik kita” tersebut ketika penyakit kencing manis (diabetis) telah menjadi bagian hidup kita sehari-hari.

Oleh karena itu, ketika anda dihadapkan pada minuman atau makanan kecil yang manis-manis, meskipun membangkitkan selera dan nikmat tiada tara – ingatlah pankreas anda masing-masing. Demikian pula hal-hal lain yang sekiranya jika dilakukan dapat (berpotensi) mengganggu fungsi pankreas kita maka JANGAN DILAKUKAN! Apalagi jika ada sejarah bahwa fihak orang-tua atau orang tua dan kerabat lainnya ada yang terserang penyakit kencing manis (diabetis), penjagaan fungsi pankreas sebagai penghasil hormon insulin sangat perlu diperhatikan.

Dari dua ilustrasi kasus diataslah saya pada akhirnya bisa memahami maksud dari ungkapan yang ditayangkan di awal postingan ini. Tentu saja banyak hal lain yang terkait dengan urusan dunia yang bisa dijadikan sebagai ilustrasi. Yang perlu kita ingat juga adalah bahwa terkait dengan semua hal tersebut, masih ada kesempatan bagi kita untuk berobat dan mencari tindakan medis untuk mencegah atau mengatasi masalah yang ada dan besar kemungkinan kita masih diberi kesempatan untuk menjadi sehat kembali.

Dengan pernyataan di atas itu, rasa curious saya dalam perenungan dan pencarian pencerahan diri di akhir tahun 2011 ini lantas melebar pada pertanyaan “Bagaimana jika hal itu terkait dengan urusan akherat? yang jika terjadi kesalahan di dunia, maka tidak akan ada koreksi yang dapat dilakukan dan konsekuensi yang ada haya ada dua pilihan saja (syurga atau neraka!).” Wah… alangkah menyesal ketika di dunia kita tidak menyempatkan dan bahkan melalaikan diri untuk mencari pahala sebanyak-banyaknya sebagai bekal di akherat nantinya!

Di dunia, dibaratkan jika tidak menjaga kesehatan jantung berakhir dengan gangguan jantung atau gagal jantung; tidak menjaga kesehatan pankreas berakhir dengan penyakit kencing manis (diabetis). Akibat terjelek dari keduanya adalah kematian dan setelah mati masalah gangguan atau gagal jantung serta penyakit diabetisnya sudah tidak akan menjadi masalah lagi (artinya: urusannya selesai!).

Sebaliknya, jika kita tidak menjaga dalam urusan agama selama kita hidup di dunia, tidak menjaga dari urusan dosa dan pelanggaran, serta tidak berusaha istiqomah dalam mengumpulkan pahala selama hidup di dunia, maka kematian yang kita alami tidak menyelesaikan urusan. Bahkan dikatakan bahwa urusan yang sebenarnya baru akan dimulai ketika kita mengalami kematian.

Jika kita mati maka semua yang kita lakukan di dunia (misalnya: dosa, pelanggaran agama, dan pahala) masih harus dipertanggungjawabkan di hadapan Alloh SWT. Yang lebih penting lagi adalah di akherat nanti sudah tidak ada lagi yang namanya mati! Sesuai dengan kefahaman kita sebagai orang Islam, kita akan hidup kekal abadi di akherat nanti. Artinya: jika kita di neraka maka akan menderita selama-lamanya dan tidak ada akhirnya (naudzubillahi min dzalik). Sebaliknya jika kita di syurga maka akan senang selama-lamanya dan tidak ada akhirnya (semoga Alloh menjadikan kita sebagai golongan orang yang masuk syurga, amiin!).

Kesimpulannya: jika untuk urusan dunia saja kita harus dapat menjaganya dengan hati-hati agar bisa menjalankan fungsi dengan baik. Mestinya untuk urusan akherat kita harus lebih mampu menjaganya, mengingat konsekuensi kesalahan yang kita lakukan di dunia dapat berakibat kesengsaraan yang abadi dan selama-lamanya.

Demikianlah salah satu hasil perenungan di akhir tahun 2011 dan dalam rangka mengawali tahun 2012. Semoga hasil renungan yang telah diposting tersebut ada manfaatnya. Semoga juga dapat menjadi sepotong kecil ‘gading atau belang’ yang dapat ditinggalkan bagi kolega yang membacanya.

Gbr. 1. Skenario back crossing secara konvensional dan pemanfaatan marker molekuler untuk percepatan proses back crossing. Sumber gambar: http://www.knowledgebank.irri.org/ricebreedingcourse/image99.jpg

Dalam posting sebelumnya telah dibahas tentang pemtingnya membuat Mapping Population [lihat Q & A: Mapping Population Versus Association Map (Association Linkage) Analysis] dan contoh bentuk Mapping Population yang berupa F2 Intercross (lihat: Q and A: Mapping Population Part 2 – F2 Intercross). Dalam posting ini diilustrasikan macam Mapping Population lain, yaitu F2 Backcross dan populasi turunannya. Harapannya, informasi ini dapat menjadi bahan pertimbangan bagi mahasiswa pascasarjana yang akan atau sedang menulis thesis S2 atau disertasi S3 ataupun staf pengajar (peneliti) yang dalam proses atau sedang melakukan penelitian dengan topik analisis molekuler.

Untuk membahas apa itu dan bagaimana proses pembuatan Populasi F2-Backcross, ada baiknya kita bersama-sama mencoba memahami beberapa ilustrasi di bawah ini:

Gbr. 1. Proses pembuatan Mapping Population F2 Backcross dari tetua yang homosigot. Sebagai ilustrasi, tetua P1 (donor sifat resisten yang akan dipelajari) dan P2 sebagai tetua rentan.

• CASE A: ada dua tanaman (P1 dan P2) yang merupakan galur murni (i.e. lokus-lokus di dalam genomnya mempunyai alel dalam kondisi homosigot). Tanaman P1 diketahui merupakan donor sifat resisten sedangkan tanaman P2 bersifat rentan. Antara P1 dan P2 diketahui mempunyai jarak genetik yang besar sehingga masing-masing tetua (P1 versus P2) jika dianalisis dengan marka molekuler akan bersifat polimorfik. Persilangan antara P1 dan P2 dilakukan untuk mendapatkan sejumlah benih F1 yang genotipenya homogeneous. Benih F1 ditanam dan dipelihara hingga berbunga. Backcrossing dilakukan dengan menyilangkan tetua P1 atau tetua P2 dengan sejumlah tanaman F1 dan benih yang dipanen adalah benih BC1. Benih BC1 ditanam sehingga menghasilkan populasi tanaman BC1. Populasi tanaman BC1 tersebut dapat digunakan sebagai Mapping Population dan dikenal sebagai Populasi F2-Backcross (Gbr. 1).

Gbr. 2. Proses pembuatan Mapping Population F2 Backcross (test cross). Setelah dapat F1 yang heterosigot, disilangkan dengan tetua selain P1 atau P2 (misal P10) yang alel-alel dalam lokusnya resesif. Tetua P1 sebagai donor sifat resisten yang akan dipelajari.

• CASE B: seperti halnya dalam Gbr. 1, dihasilkan populasi tanaman F1 yang homogeneous. Untuk pembuatan populasi Testcross, tidak digunakan salah satu tetua P1 atau P2, tetapi digunakan tanaman tester P10. Tanaman P10 mempunyai alel pada lokus-lokusnya yang kebanyakan alel resesif. Tanaman P1 diketahui merupakan donor sifat resisten sedangkan tetua P2, P10 atau tetua tester lainnya yang digunakan  bersifat rentan. Antara P1 dan P2 atau tetua tester yang digunakan diketahui mempunyai jarak genetik yang besar sehingga jika dianalisis dengan marka molekuler akan bersifat polimorfik. Benih TC1 ditanam sehingga menghasilkan populasi tanaman TC1. Populasi tanaman TC1 tersebut dapat digunakan sebagai Mapping Population dan setara dengan Populasi F2-Backcross (Gbr. 2).

• 

  Gbr. 3. Berangkat dari populasi BC1 (Gbr. 1) - dapat dihasilkan populasi Near Isogenic Lines (NIL) melalui proses continuous backcrossing (continuous BC) selama beberapa generasi. NIL dapat digunakan sebagai Mapping Population.

  CASE C: berangkat dari CASE A atau CASE B tersebut di atas – setelah mendapatkan populasi tanaman BC1 atau TC1, masing-masing tanaman BC1 atau TC1 yang heterosigot dipilih dan disilangkan dengan tetua P1 atau tetua P2-nya (atau P10 untuk test cross) dan dari  masing-masing persilangan dipanen benihnya (benih BC2 atau TC2) dan benih BC2 atau TC2 yang dipanen dari masing-masing induk BC1 atau TC1 dipisahkan sebagai famili. Selanjutnya, dari setiap famili benih BC2 atau TC2 yang didapat, ditanam dan dipilih individu yang heterosigot untuk disilangkan kembali dengan tetua P1 atau tetua P2 (atau P10 untuk testcross – continuous backcrossing atau testcrossing=continuous BC atau TC).

Gbr. 4. Dengan populasi TC1 yang berasal dari test cross dengan tetua P10, dipilih individu yang heterosigot dan disilangkan dengan tetua tester yang alel-alelnya resesif. Setelah 6-10 generasi TC juga dapat dihasilkan populasi Near Isogenic Lines (NIL). NIL yang didapat dapat digunakan sebagai Mapping Population.

• Demikian seterusnya, continuous BC atau TC dilakukan 6-10 generasi (Gambar 3 dan 4) dan pada generasi 10 – galur BC10 atau TC10 yang didapat akan diselfing dan diperoleh populasi tanaman yang dapat digunakan sebagai Mapping Population. Mapping Population tersebut dikenal sebagai populasi Near Isogenic Lines (NIL).

Mari kita simak tiga kasus yang diuraikan diatas. Pada CASE A dan B diatas, Mapping Population F2-Backcross merupakan populasi yang dihasilkan melalui paling sedikit dua kali controlled polination dan dengan tingkat keragaman intra-populasi yang lebih kecil dibandingkan dengan populasi F2 Intercross (ini merupakan kekurangan dari populasi F2 Backcross). Individu-individu dalam Mapping Population yang dibuat sebaiknya minimal sebanyak 90-100 individu (ini merupakan kelebihan dari populasi F2 Backcross).

Populasi NIL dibuat dengan tujuan agar lokus-lokus di dalam genomnya sebagian besar dalam kondisi homosigot dan hanya sebagian kecil lokus sisanya saja yang masih dalam kondisi heterosigot (lokus-lokus target yang diinginkan saja yang dalam keadaan heterosigot). Pada populasi NIL, jumlah kelas genotipe yang ada hanya AA atau aa saja untuk mayoritas lokus di dalam genom tanamannya. Namun demikian, untuk sejumlah lokus target yang diinginkan – genotipenya masih ada dalam kondisi heterosigot Aa.

Pada generasi BC10, galur backcross yang didapat diselfing, sehingga untuk lokus-lokus target akan terjadi segregasi menjadi AA, Aa, dan aa. Sebaliknya, selain lokus target, maka semua genotipenya akan homosigot (AA atau aa) dan tidak terjadi segregasi. Namun demikian, untuk merealisasikan kelebihan tersebut diperlukan proses continuous backcrossing selama 6-10 generasi.

Pada populasi F2 Backcross, hanya ada dua macam kemungkinan genotipe yaitu: heterosigot/Ht (Aa) yang dalam ilustrasi pada Gbr. 1 dan Gbr. 2 akan diberi kode tipe “H” atau homosigot/hm (aa) atau tipe “B.” Simbol B, atau H merupakan simbol pengganti genotipe untuk masing-masing individu BC1, yang akan digunakan dalam analisis linkage atau dalam pembuatan linkage map. Ratio antara genotipe tipe “B” atau “H” pada populasi BC1 adalah 1:1

Pada populasi NIL, hanya dijumpai ada satu macam genotipe untuk sebagian besar lokus yang ada di dalam genom, yaitu: Hm (AA) yang dalam ilustrasi pada Gbr. 3 dan Gbr. 4 akan diberi kode tipe “A” dan homosigot (aa) atau tipe “B.” Pada sebagian kecil lokus-lokus  target, akibat dilakukan selfing pada lokus yang heterosigot, maka akan dijumpai segregasi menjadi genotipe Hm (AA) atau tipe “A”, hm (aa) atau tipe “B” dan Ht (Aa) atau tipe “H”. Simbol A, B dan H merupakan simbol pengganti genotipe untuk masing-masing individu dalam populasi NIL, yang akan digunakan dalam analisis linkage atau dalam pembuatan linkage map. Pada populasi NIL, lokus-lokus yang masih bersegregasi merupakan lokus-lokus target yang kemungkinan besar linkage dengan karakter tertentu yang akan di-petakan karena pada lokus lain yang tidak linkage dengan lokus-lokus target akan ada dalam kondisi isogenic (kondisi homosigot).

Jika setiap individu dalam Mapping Population F2 Backcross dianalisis dengan menggunakan marker yang dominan (seperti marker RAPD, AFLP, atau ISSR), maka individu dengan skor (+) merupakan individu dengan genotipe heterosigot Ht (Aa atau tipe “H”) dan yang mempunyai skor (-) merupakan individu dengan genotipe hm (aa atau tipe “B”). Untuk populasi BC1 atau TC1 maka ratio antara Aa atau tipe “H” dengan aa atau tipe “B” akan 1:1.

Jika Mapping Population-nya adalah NIL, maka untuk sebagian besar lokus-lokus yang dianalisis kemungkinannya akan mempunyai genotipe Hm (AA) atau hm (aa). Untuk sebagian kecil lokus yang dianalisis yang ada dalam kondisi heterosigot Aa, setelah selfing akan bersegregasi menjadi AA, aa, dan Aa, sehingga kalau dianalisis dengan marker dominan maka individu yang mempunyai skor (+) bisa mempunyai genotipe Hm (AA) atau tipe “A,” atau Ht (Aa) atau tipe “H” (untuk ilustrasi Gbr. 3 atau Gbr. 4). Sebaliknya, individu yang mempunyai skor (-), genotipenya hm (aa) atau tipe B (Gbr. 3 dan Gbr. 4). Dengan demikian, jika digunakan marker yang sifatnya dominan, tetap tidak akan dapat membedakan genotipe individu dengan skor (+) sebagai AA (tipe “A”) atau Aa (tipe “H”) dan hanya bisa mengidentifikasi individu dengan skor (-) sebagai aa atau tipe “B.”

Jika marker molekuler yang digunakan untuk analisis individu-individu tanaman dalam populasi F2 backcross atau populasi NIL adalam marker yang bersifat co-dominan (marker SSR atau marker SSCP), maka tidak akan muncul potensi masalah sebagaimana yang dijelaskan dalam uraian sebelumnya. Individu dengan genotipe Hm (AA) atau tipe “A” akan dapat dengan mudah dibedakan dari genotipe Ht (Aa) atau tipe “H.” dan dari individu dengan genotipe hm (aa) atau tipe “B.”

Dari penjelasan di atas dapat ditarik kesimpulan bahwa: Mapping Population F2 backcross dan NIL hanya memerlukan 90-100 individu untuk keperluan analisis linkage. Walaupun Mapping Population F2 backcross memerlukan dua tahap controlled polination, tetapi karena haya ada dua kelas genotipe (tipe “H” dan tipe “B”) maka individu dengan skor (+) dapat diketahui identitas genotipenya menggunakan marker dominan. Sebaliknya Mapping Population NIL lebih kompleks penyiapannya, tetapi mampu membuat populasi tanaman yang isogenik untuk mayoritas lokus yang ada dalam genom tanamannya. Lokus yang masih bersegregasi merupakan lokus target, kemungkinan besar sebagai lokus yang dicari dalam penelitian (misalnya lokus yang linkage dengan karakteristik fenotipik tertentu). Populasi mana yang akan dibuat untuk mendukung pelaksanaan penelitian analisis linkage sangat tergantung pada pilihan peneliti dan sumberdaya yang tersedia.

Semoga ulasan dari beberapa pertanyaan yang sering mengemuka dalam diskusi di kelas atau ketika membaca thesis/disertasi mahasiswa SPS IPB tersebut ada manfaatnya. Semoga juga dapat menjadi sepotong kecil ‘gading atau belang’ yang dapat ditinggalkan bagi kolega yang membacanya. Feedback dan masukan dari teman-teman sangat diharapkan untuk meningkatkan pemahaman bersama, silakan berikan feedback dan masukan di kolom komentar.

Baca juga (Read also):

• Q & A: Mapping Population Versus Association Map (Association Linkage) Analysis
• Q and A: Mapping Population Part 2 – F2 Intercross
• Q and A: Mapping Population Part 3 – F2 Backcross dan-populasi-yang-terkait
• Q & A: Apakah Tanaman yang Diperbanyak Secara Vegetatif, Baik Tetua P1 atau P2 dan Silangan F1-nya, Dapat Digunakan untuk Membuat Mapping Population untuk Studi Marker Molekuler?
• Q and A: Mapping Population Part 4 – Pseudo-Testcross
• Q and A: Mapping Population Part 5 – Bulk Segregant Analysis (BSA)

IBUNDA dari Prof. Satriyas Ilyas telah meninggal dunia pada hari Jum'at 13 Januari 2012, pk. 15.00. PMB Lab staff dan Mhs Pascasarjana mengucapkan bela sungkawa yang sedalam-dalamnya.

IBUNDA dari Prof. Dr. Satriyas Ilyas, staff pengajar dari Bagian Ilmu dan Teknologi Benih, hari ini Jum’at 13 Januari 2012 – pukul 15.00 sore telah meninggal dunia. Informasi yang didapat dari fihak keluarga menyatakan bahwa jenazah akan dikebumikan di Pemakaman Umum Kayu Manis, Bogor pada hari SABTU pagi tanggal 14 Januari 2012, pukul 09.00. Malam ini, jenazah almarhumah disemayamkan di Perumahan Bukit Cimanggu City dan akan diberangkatkan dari kediaman tersebut menuju ke lokasi pemakaman pada hari Sabtu pagi.

Bagi teman-teman yang ingin mengucapkan rasa bela sungkawanya, bisa mengakses blog ini dan menuliskan ucapan bela sungkawanya di kolom komentar dalam laman Blog ini.

IBUNDA dari Prof. Satriyas Ilyas telah meninggal dunia pada hari Jum'at 13 Januari 2012, pk. 15.00. PMB Lab staff dan Mhs Pascasarjana mengucapkan bela sungkawa yang sedalam-dalamnya.

IBUNDA dari Prof. Dr. Satriyas Ilyas, staff pengajar dari Bagian Ilmu dan Teknologi Benih, hari ini Jum’at 13 Januari 2012 – pukul 15.00 sore telah meninggal dunia. Ibunda Prof. Dr. Satriyas Ilyas, telah berpulang ke hadapan Alloh SWT pada usia kurang lebih 88 tahunan setelah dirawat di Rumah Sakit Islam, Budi Agung, Bogor selama tiga minggu. Beliau meninggal dunia akibat komplikasi penyakit gula (diabetis) yang telah diderita cukup lama. Informasi tentang peramutan jenazah masih belum diketahui dan insyaAlloh akan diinformasikan kemudian.

Bagi teman-teman yang ingin mengucapkan rasa bela sungkawanya, bisa mengakses blog ini dan menuliskan ucapan bela sungkawanya di kolom komentar dalam laman Blog ini.

Semua PMB Lab staffs and associated graduate students menyatakan ikut berduka cita yang sedalam-dalamnya dengan diiringi doa semoga arwah almarhumah ibunda Prof. Dr. Satriyas Ilyas dapat diterima di sisi Alloh SWT. Semoga keluarga yang ditinggal dapat diberi kesabaran dalam menerima cobaan yang diberikan Alloh SWT. Amiin.

Prof. Roedhy Poerwanto from Department of Agronomy and Horticulture (AGH) has recently been appointed as chairman of "Senat Fakultas" at the Faculty of Agriculture, IPB. He assumes his new responsibility as of Wednesday, January 11-2012.

Prof. Roedhy Poerwanto from Department of Agronomy and Horticulture (AGH), Faculty of Agriculture, IPB, Bogor-INDONESIA has recently been appointed as Chairman for “Senat Fakultas” – Faculty of Agriculture, IPB-Bogor. In an easy election against seven other eligible candidates, Prof. Roedhy have won easily the vote of 32 “Senat Fakultas” member. As of Wednesday, January 11-2012, Prof. Roedhy will assume as chairman of this institution. The former chairman of “Senat Fakultas” was Prof. Aunu Rauf from Plant Protection Department.

The “Senat Fakultas” is analog to the legislative body in a democratic country. Its functions include to give advices and control the Dean of Faculty of Agriculture (The executive body). In the faculty level, “Senat Fakultas” informally hold an important position and so is the chairman of “Senat Fakultas.”

All PMB Lab staffs ad associated graduate students congratulate Prof. Roedhy Poerwanto for being elected as the chairman of “Senat Fakultas.” We hope that Prof. Roedhy will be able to successfully assume his new position for the better future of Faculty of Agriculture.

Linkage between female and certain disease in human genetic. Figure Source http://genome.crg.es

Setelah memahami mengapa perlu membuat Mapping Population sebagaimana yang dijelaskan dalam posting sebelumnya [lihat Q & A: Mapping Population Versus Association Map (Association Linkage) Analysis], pertanyaan berikutnya adalah bagaimana dan apa saja macam Mapping Population yang dapat digunakan? Dalam beberapa seri posting selanjutnya akan diungkap jawaban dari pertanyaan-pertanyaan tersebut. Harapannya, informasi yang disampaikan dapat menjadi bahan pertimbangan bagi mahasiswa pascasarjana yang akan atau sedang menulis thesis S2 atau disertasi S3 ataupun staf pengajar (peneliti) yang dalam proses atau sedang melakukan penelitian dengan topik analisis molekuler.

Berkaitan dengan hal tersebut, salah satu tipe atau bentuk Mapping Population yang dapat digunakan dalam penelitian dan analisis molekuler adalah Populasi F2-Intercross. Untuk memahami apa itu dan bagaimana proses pembuatan Populasi F2-Intercross, ada baiknya kita bersama-sama mencoba memahami beberapa ilustrasi di bawah ini:

• 

  Gbr. 1. Proses pembuatan Mapping Population F2 Intercross dari dua tetua yang homosigot. Sebagai ilustrasi, tetua P1 sebagai donor sifat resisten yang akan dipelajari dan P2 sebagai tetua rentan.

  CASE A: ada dua tanaman (P1 dan P2) yang merupakan galur murni (i.e. lokus-lokus di dalam genomnya mempunyai alel dalam kondisi homosigot). Tanaman P1 diketahui merupakan donor sifat resisten sedangkan tanaman P2 bersifat rentan. Antara P1 dan P2 diketahui mempunyai jarak genetik yang besar sehingga masing-masing tetua (P1 versus P2) jika dianalisis dengan marka molekuler akan bersifat polimorfik. Persilangan antara P1 dan P2 dilakukan untuk mendapatkan sejumlah benih F1 yang genotipenya homogeneous. Benih F1 ditanam dan dipelihara hingga berbuah. Selfing dilakukan terhadap sejumlah tanaman F1 dan benih yang dipanen adalah benih F2. Benih F2 ditanam sehingga menghasilkan populasi tanaman F2. Populasi tanaman F2 tersebut dapat digunakan sebagai Mapping Population dan dikenal sebagai Populasi F2-Intercross (Gbr. 1).

Gbr. 2. Proses pembuatan Mapping Population F2 Intercross dari tetua yang heterosigot. Sebagai ilustrasi, tetua P1 (donor sifat resisten yang akan dipelajari), diketahui genotipenya heterosigot dan P2 sebagai tetua rentan.

• CASE B: ada dua tanaman (P1 dan P2) yang jelas-jelas bukan merupakan galur murni (tidak yakin lokus-lokusnya ada dalam kondisi homosigot). Status genotipe tanaman P1 heterosigot dan P2 tidak diketahui (apakah homosigot atau heterosigot). Tanaman P1 diketahui merupakan donor sifat resisten sedangkan tanaman P2 bersifat rentan. Antara P1 dan P2 diketahui mempunyai jarak genetik yang besar sehingga masing-masing tetua (P1 versus P2) jika dianalisis dengan marka molekuler akan bersifat polimorfik. Persilangan antara P1 dan P2 dilakukan untuk mendapatkan sejumlah benih F1 yang genotipenya heterogeneous. Benih F1 ditanam dan diinokulasi dengan patogen penyebab penyakitnya. Setelah diinokulasi, dipilih tanaman F1 yang resisten dan dipelihara hingga berbuah. Selfing dilakukan terhadap satu tanaman F1 terpilih yang resisten dan benih yang didapat dipanen sebagai benih F2. Benih F2 ditanam sehingga menghasilkan populasi tanaman F2. Populasi tanaman F2 tersebut dapat digunakan sebagai Mapping Population dan dikenal sebagai Populasi F2-Intercross (Gambar 2).

Gbr. 3. Berangkat dari populasi F2 (Gbr. 1) - dapat dihasilkan populasi Recombinant Inbreed Lines (RIL) melalui proses Single Seed Descent (SSD) selama beberapa generasi. RIL dapat digunakan sebagai Mapping Population.

• CASE C: berangkat dari CASE A atau CASE B tersebut di atas – setelah mendapatkan populasi tanaman F2, masing-masing tanaman F2 di-selfing dan dari  masing-masing tanaman dipanen benihnya (benih F3) dan benih F3 yang dipanen dipisahkan sebagai famili. Selanjutnya, dari setiap famili benih F3 turunan dari masing-masing tanaman F2, diambil satu benih F3 dan ditanam hingga panen (single seed descent=SSD).

Gbr. 4. Dengan populasi F2 yang berasal dari tetua P1 heterosigot - juga dapat dihasilkan populasi Recombinant Inbreed Lines (RIL) dengan skenario yang sama seperti pada Gbr. 3, yaitu proses Single Seed Descent (SSD) selama beberapa generasi. RIL dapat digunakan sebagai Mapping Population.

• Demikian seterusnya, SSD dilakukan 6-10 generasi selfing (Gambar 3 dan 4) dan pada generasi 10 akan didapatkan populasi tanaman yang dapat digunakan sebagai Mapping Population. Mapping Population tersebut disebut sebagai populasi Recombinant Inbreed Lines (RIL).

Mari kita simak tiga kasus yang diuraikan diatas. Pada CASE A dan B diatas, Mapping Population F2-intercross merupakan populasi yang mempunyai tingkat keragaman intra-populasi yang tertinggi dibandingkan dengan populasi lain (ini merupakan kelebihan dari populasi F2 intercross). Individu-individu dalam Mapping Population yang dibuat sebaiknya minimal sebanyak 180-200 individu (ini merupakan kekurangan dari populasi F2 intercross).

Populasi RIL juga mempunyai tingkat keragaman intra-populasi yang tinggi sebagaimana populasi F2 intercross. Pada populasi RIL, jumlah kelas genotipe yang tadinya ada tiga (AA, aa, dan Aa) pada populasi F2 Intercross, tinggal menjadi dua (AA dan aa) saja (ini merupakan kelebihan dari populasi RIL). Namun demikian, untuk merealisasikan kelebihan tersebut diperlukan proses SSD selama 6-10 generasi.

Pada masing-masing individu dalam populasi F2 Intercross, pada masing-masing lokus tertentu akan dijumpai ada tiga macam kemungkinan genotipe yaitu: homosigot/Hm (AA) yang dalam ilustrasi pada Gbr. 1 dan Gbr. 2 akan diberi kode tipe “A”, homosigot/hm (aa) atau tipe “B”, dan heterosigot (Aa) atau tipe “H.” Simbol A, B, atau H merupakan simbol pengganti genotipe untuk masing-masing individu F2, yang akan digunakan dalam analisis linkage atau dalam pembuatan linkage map.

Pada populasi RIL, hanya dijumpai ada dua macam genotipe yaitu: Hm (AA) yang dalam ilustrasi pada Gbr. 3 dan Gbr. 4 akan diberi kode tipe “A” dan homosigot (aa) atau tipe “B.” Simbol A dan B merupakan simbol pengganti genotipe untuk masing-masing individu dalam populasi RIL, yang akan digunakan dalam analisis linkage atau dalam pembuatan linkage map. Pada populasi RIL, individu dengan genotipe “H” tidak lagi dijumpai sebagai akibat dari kegiatan SSD selama 6-10 generasi.

Jika setiap individu dalam Mapping Population F2 intercross dianalisis dengan menggunakan marker yang dominan (seperti marker RAPD, AFLP, atau ISSR), maka individu Hm (AA) atau tipe “A” dan individu Ht (Aa) atau tipe “H” akan mempunyai skor yang sama (i.e. RAPD, AFLP, dan ISSR tidak dapat membedakan antara individu dengan genotipe Hm (AA) atau tipe “A” dengan individu bergenotipe Ht (Aa) atau tipe “H.” Dua-duanya akan diskor (+). Yang dapat ditentukan genotipenya dengan pasti adalah individu dengan skor (-) karena akan mempunyai genotipe hm (aa). Untuk itu, simbol genotipe individu dengan skor (+) yang bisa AA atau Aa diganti dengan bukan tipe “B” atau simbolnya diganti dengan ”C” karena tipe B genotipenya (aa). Dengan analogi yang sama, individu F2 dengan skor (+) yang bisa BB atau Bb diganti dengan bukan tipe “A” atau simbolnya diganti dengan “D” karena tipe A genotipenya (aa).

Tetapi jika Mapping Population-nya adalah RIL, maka hanya ada individu dengan kemungkinan genotipe Hm (AA) atau hm (aa). Sehingga, kalau dianalisis dengan marker dominan maka individu yang mempunyai skor (+) biasanya genotipenya Hm (AA) atau tipe “A” (untuk Gbr. 3 atau Gbr. 4). Sebaliknya, individu yang mempunyai skor (-), genotipenya hm (aa) atau tipe B (untuk Gbr. 3 dan Gbr. 4). Dengan demikian, meskipun digunakan marker yang sifatnya dominan, tetap akan dapat mengidentifikasi genotipe individu dengan skor (+) sebagai (AA) atau tipe “A” dan yang skor (-) sebagai (aa) atau tipe “B.”

Jika marker molekuler yang digunakan untuk analisis individu-individu tanaman dalam populasi F2 intercross atau populasi RIL adalam marker yang bersifat co-dominan (marker SSR atau marker SSCP), maka tidak akan muncul potensi masalah sebagaimana yang dijelaskan dalam uraian sebelumnya. Individu dengan genotipe Hm (AA) atau tipe “A” akan dapat dengan mudah dibedakan dari genotipe Ht (Aa) atau tipe “H” dan dari individu dengan genotipe hm (aa) atau tipe “B.”

Dari penjelasan di atas dapat ditarik kesimpulan bahwa: Mapping Population F2 intercross dan RIL merupakan populasi dengan keragaman intrapopulasi yang tinggi. Mapping Population F2 intercross lebih sederhana dalam prosesnya, tetapi ada individu-individu dalam kondisi heterosigot Ht (Aa) yang tidak dapat dibedakan dengan individu Hm (AA) ketika menggunakan marker yang dominan. Sebaliknya Mapping Population RIL lebih kompleks penyiapannya, tetapi tidak lagi ada individu dengan genotipe Ht (Aa) dan marker molekuler yang bersifat dominan akan mampu mengidentifikasi individu dengan skor (+) sebagai individu dengan genotipe Hm (AA). Populasi mana yang akan dibuat untuk mendukung pelaksanaan penelitian analisis linkage sangat tergantung pada pilihan peneliti dan sumberdaya yang tersedia.

Semoga ulasan dari beberapa pertanyaan yang sering mengemuka dalam diskusi di kelas atau ketika membaca thesis/disertasi mahasiswa SPS IPB tersebut ada manfaatnya. Semoga juga dapat menjadi sepotong kecil ‘gading atau belang‘yang dapat ditinggalkan bagi kolega yang membacanya. Feedback dan masukan dari teman-teman sangat diharapkan untuk meningkatkan pemahaman bersama.

Baca juga (Read also):

• Q & A: Mapping Population Versus Association Map (Association Linkage) Analysis
• Q and A: Mapping Population Part 2 – F2 Intercross
• Q and A: Mapping Population Part 3 – F2 Backcross dan-populasi-yang-terkait
• Q & A: Apakah Tanaman yang Diperbanyak Secara Vegetatif, Baik Tetua P1 atau P2 dan Silangan F1-nya, Dapat Digunakan untuk Membuat Mapping Population untuk Studi Marker Molekuler?
• Q and A: Mapping Population Part 4 – Pseudo-Testcross
• Q and A: Mapping Population Part 5 – Bulk Segregant Analysis (BSA)

Website of Department of Agronomy and Horticulture - The Winner of 2011 IPB Web Competition: Department Category.

In the 2011 ‘Lomba Situs Web IPB‘, Department of Agronomy and Horticulture (AGH) associated civitas academica has won two Awards. The official website of Department of Agronomy and Horticulture (http://agrohort.ipb.ac.id/) was selected as the winner of 2011 IPB Website Competition for the department category.

Hans D Welly Blog, a student of Department of Agronomy and Horticulture - The Winner of 2011 IPB Web Competition: Student Category.

Moreover, one of the Department of Agronomy dan Horticulture student’ website (Hans D Welly, students of ‘Angkatan 45′ – http://hansdw08.student.ipb.ac.id/) has also been selected as the winner for the student’s blog category.

PMB Lab staffs and associated graduate students congratulate Department of Agronomy and Horticulture and Hans D. Welly for their achievements. We hope that they will be able to keep up the achievement in the 2012 competition.

Lokasi di pasar Aziziyah, tempat dimana seorang dermawan setiap musim haji bershodaqoh makanan (nasi, lauk pauk, dan minuman). Lokas ini selalu ramai dikunjungi oleh JCH dari berbagai negara.

Bagi kita yang pernah membaca sejarah Islam, insyaAlloh kita pernah mendengar nama Latta. Jika kita mendengar nama tersebut, otomatis kita akan mengasosiasikan nama tersebut dengan salah satu berhala utama yang diletakkan oleh orang-orang musyrik di Mekkah di sekitar Ka’bah pada zaman jahiliyah.

Jika dirunut lebih jauh ke belakang, nama Latta sebetulnya merupakan nama seorang dermawan di Mekkah yang setiap musim haji selalu memberi makan kepada jama’ah calon haji (JCH) yang datang ke Mekkah. Pada saat beliau meninggal dunia, untuk menghormati kedermawanannya, maka dibuatkanlah monumen untuk orang tersebut. Entah bagaimana ceriteranya, setelah sekian lama kemudian ternyata berhala Latta dianggap sebagai Tuhan oleh orang-orang musyrik di jaman jahiliyah.

Anyway… sebetulnya postingan ini tidak bermaksud membahas Latta sebagai berhala-nya orang Musyrik. Dalam posting ini disampaikan hal yang sama dengan yang dilakukan Latta zaman dahulu, tetapi yang dilakukan di jaman moderen ini, yaitu: ceritera tentang orang yang menyediakan makan (nasi dan lauk ayam bakar, plus minuman) bagi JCH yang datang ke Mekkah.

Para pekerja sibuk memasak, menyiapkan dan membagikan makanan (nasi lengkap) kepada JCH yang menginginkan.

Di daerah Aziziyah – Syimaliah, ada satu rumah orang Saudi yang lokasinya berada di tepi jalan utama Aziziyah (Aziziyah Main Road) yang selama musim haji hingga menjelang Wukuf di Arofah, setiap hari selalu menyediakan makan siang dan makan malam bagi JCH yang mau datang ke lokasi tersebut. Makanan yang disediakan terdiri atas satu porsi (porsi orang Saudi – porsi yang sangat besar untuk orang Indonesia!) nasi Buchori dengan dua-tiga potong ayam bakar dan satu buah juice. Kalau dinilai dalam bentuk uang, maka satu porsi makanan yang dibagikan diperkirakan mempunyai nilai antara SR. 15 – 20 per porsi. Satu porsi makanan yang disediakan tersebut kalau dimakan untuk JCH perempuan dari Indonesia insyaAlloh cukup untuk dua orang. Tetapi, jika dimakan untuk JCH laki-laki dari Indonesia insyaAlloh bisa cukup untuk 1.5 orang.

Porsi makanan yang dishodaqohkan kepada JCH: satu porsi nasi Buchori (nasi lemak), 1-2 potong ayam bakar, dan juice buah.

Jama’ah calon haji yang menginginkan untuk mendapatkan makanan tersebut dapat datang langsung ke lokasi di Aziziyah – Syimaliah. Biasanya, JCH harus mengantri terlebih dahulu untuk mendapatkan makanan yang dibagikan.

Secara umum, jika JCH laki-laki yang mengantri oleh petugas yang membagi akan diberi satu porsi makanan. Sebaliknya, jika yang mengantri wanita atau ibu-ibu, petugas yang membagi biasanya lebih generous (lebih dermawan) karena setiap wanita bisa mendapatkan 2-3 porsi makanan. Bagi JCH yang memerlukan, dapat memutar untuk mengantri lagi sebanyak 2 kali sehingga mendapatkan jatah antara 2-6 porsi (tergantung siapa yang mengantri).

Kebetulan salah satu JCH dari rombongan Yayasan Multazam secara tidak sengaja ada yang mengetahui keberadaan lokasi tersebut sehingga rombongan JCH kami dapat memanfaatkan pembagian makanan gratis tersebut ketika sedang malas untuk memasak sendiri. Yang dilakukan biasanya sebagian JCH dari Yayasan Multazam akan volunteer untuk mengantri dan mendapatkan makanan bagi dirinya sendiri dan bagi JCH lainnya yang tidak sempat mengantri.

Hal tersebut dilakukan baik menjelang makan siang dan menjelang makan malam. Dengan demikian, pada saat memerlukan makan nasi – di pondokan telah tersedia Nasi Buchori dengan beberapa potong ayam bakar yang siap untuk disantap. Hm…. enak dan asyik juga. Bahkan pernah terjadi pada suatu saat, karena uang saku yang mulai menipis untuk membeli makanan, akhirnya mengantri di tempat shodaqoh makanan tersebut untuk makan siang dan makan malam menjadi satu solusi.

Rombongan JCH dari Yayasan Multazam, beristirahat setelah berjalan-jalan di pertokoan di sekitar Aziziya Syimaliah.

Nah… bagi para JCH yang datang ke Mekkah, ada baiknya sekali-sekali jalan-jalan ke Aziziyah – Syimaliah dan mencari lokasi tempat pembagian makanan gratis tersebut. Siapa tahu karena satu dan lain hal, uang saku yang ada sudah menipis sedangkan keperluan masih banyak selama di Mekkah. Keberadaan tempat yang memberikan shodaqoh makanan halal (Nasi Buchori, ayam bakar dan juice buah) tersebut mungkin dapat menjadi penyambung kebutuhan selama tinggal di Mekkah.

Itulah sedikit ceritera tentang Latta Zaman Moderen – yang Bukan Berhala. Moga-moga Alloh SWT paring manfaat dan barokah dan semoga informasi ini ada manfaatnya.

Next: Entry # 41 – Mekkah al-Mukarommah Day 21: Strateji Ibadah – Kloter Awal Versus Kloter Akhir.

Previous: Entry # 39 – MEKKAH AL-MUKAROMMAH – DAY 19: SHODAQOH MAKANAN (ROTI) SATU CONTAINER.

(Mekkah al-Mukarommah, 9 November 2010)

Semangat yang tinggi dalam bershodaqoh tercermin dari banyaknya makanan yang dibagikan gratis kepada JCH. Makanan (roti, kue, dan minuman) yang disediakan setiap hari sebanyak lebih dari satu container. Biasanya lokasinya pas di depan terowongan yang menuju ke Aziziyah.

Dalam posting sebelumnya telah kami uraikan semangat bershodaqoh di kalangan jama’ah calon haji (JCH) yang datang ke Masjid Nabawi, Madinah. Namun demikian di Madinah, kami belum pernah menjumpai orang yang bershodaqoh makanan sebanyak satu kontainer.

Ketika kami sampai di Masjidil Harom, Mekkah, keinginan untuk menyaksikan dengan mata kepala sendiri keberadaan orang yang bershodaqoh makanan sebanyak satu kontainer akhirnya terkabulkan. Di Masjidil Harom, kami melihat sendiri, dari pagi hingga siang hari (sampai stok makanannya habis), sebuah lembaga swadaya masyarakat yang didanai oleh seorang donatur dari Saudi Arabia selalu membagikan makanan kepada JCH yang mau, sebanyak satu truk kontainer besar.

Antri pembagian makanan (Roti, kue, dan minuman) di sekitar Masjidil Harram. Makanan dibagikan gratis kepada JCH yang menginginkan.

Kalau dihitung barangkali jumlah makanan yang dibagikan mencapai puluhan ribu paket. Tiap paket makanan yang dibagikan umumnya terdiri atas satu botol air minum, satu kotak jus, dan tiga atau empat bungkus kue-kue yang umum dijumpai di Saudi Arabia. Kalau dihitung harganya, satu paket makanan kira-kita bernilai antara SR. 5 – 10.

Shodaqoh makanan sebanyak satu kontainer tersebut dilakukan setiap hari, dan dilakukan selama lebih dari 15 hari berturut-turut. Wah… wah… berapa ya biaya yang diperlukan untuk melakukan shodaqoh makanan sebanyak itu? Tetapi jika tahu pahala yang akan didapatkan, memang bagi yang mampu, tidak akan pusing-pusing memikirkan berapa biaya yang diperlukan. Kita semua tahu bahwa shodaqoh di tanah harom akan mendapatkan kefadholan yang berupa lipatan pahala dibandingkan dengan shodaqoh di luar tanah harom. Melihat pahala yang dijanjikan maka orang yang memang mau dan mampu tidak akan berfikir panjang lagi untuk bershodaqoh di tanah harom.

Setiap JCH yang menginginkan akan mendapatkan satu kotak yang berisi roti, kue, dan minuman. Makanan tersebut dibagika secara gratis bagi JCH yang mau mengantri.

Bagaimana dengan kita JCH Indonesia yang mungkin datang ke Masjidil Harom dengan dana pas-pasan? Bagaimana mungkin JCH dari Indonesia melakukan shodaqoh dalam magnitude sedemikian besar? Ya jelas tidak mungkin lah… ! untuk meniru apa yang mereka lakukan tersebut.

Tapi ada yang bisa JCH lakukan loh… ! paling tidak untuk menularkan semangat bershodaqoh dalam diri JCH masing-masing. Biasanya ketika JCH antri untuk mendapatkan shodaqoh makanan tersebut, seringkali kita mendapat bagian 2 atau 3 kotak. Nah… jangan dimakan sendiri kedua atau tiga kotak makanan tersebut. Bagi-bagikanlah kepada JCH lain yang kebetulan tidak mengantri atau JCH lainnya yang mau.

Lumayan kan… meskipun tidak keluar uang, tapi bisa melakukan shodaqoh dengan barang yang didapat dari shodaqohnya orang lain. Yang penting untuk digarisbawahi adalah bagaimana agar semangat bershodaqoh yang ditunjukkan oleh orang-orang Mekkah tersebut dapat menular pada diri kita. Apalagi kalau semangat bershodaqoh tersebut terus kita bawa ketika pulang ke Indonesia, InsyaAlloh akan banyak barokahnya.

Demikian informasi kebenaran ceritera tentang orang yang bershodaqoh satu kontainer di Mekkah. Moga-moga Alloh SWT paring manfaat dan barokah dan semoga informasi ini ada manfaatnya.

Next: Entry # 40 – Mekkah al-Mukarommah Day 20: Latta Zaman Moderen – yang Bukan Berhala.

Previous: Entry # 38 -MEKKAH AL-MUKAROMMAH – DAY 18: TEMPAT BERDOA VERSUS WAKTU BERDOA YANG MAKBUL

(Mekkah al-Mukarommah, 8 November 2010)

Bangunan yang di dalamnya terletak Maqom Ibrohim. Maqom Ibrohim adalah batu yang digunakan oleh Nabi Ibrohim sebagai 'pancatan' (jw) atau landasan ketika membangun Baitulloh. Maqom Ibrohim bukan atau tidak sama dengan makam (tempat dikuburkannya) Nabi Ibrohim.

Bagi jama’ah calon haji (JCH) yang datang ke Mekkah dan Madinnah dalam rangka melaksanakan ibadah haji, insyaAlloh seharusnya menjadi orang yang sangat berbahagia dan bersyukur. Terlebih lagi bagi JCH yang mempunyai keinginan-keinginan tertentu yang belum terwujud dan sangat menginginkan agar Alloh SWT memberikan qodar supaya keinginannya tersebut dapat menjadi kenyataan.

Sebagai orang yang iman kepada Alloh SWT, JCH tentulah sudah faham betul bahwa jika JCH menginginkan sesuatu maka tiada lain tempat untuk meminta kecuali kepada Alloh SWT. Caranya antara lain adalah dengan berdoa kepada Alloh SWT meminta apa-apa yang diinginkan dan kalau perlu diperkuat lagi dengan melakukan Sholat Hajat yang dilanjutkan dengan berdoa menyebutkan apa hajat yang diinginkannya.

Lah… kalau hanya masalah berdoa atau soal Sholat Hajat saja kan sudah biasa bagi orang iman. Lantas apa hubungannya antara JCH yang datang ke Mekkah dan Madinnah dengan segudang permintaan dengan pernyataan “sebagai orang yang paling bahagia dan bersyukur?” Jawaban dari pertanyan inilah yang akan kami tuturkan dan uraikan dalam postingan berikut.

Terkait dengan berdoa kepada Alloh, SWT, sebetulnya ada empat (4) situasi yang perlu diketahui oleh JCH, yaitu: (1) berdoa sekedar berdoa saja, yang dapat dilakukan kapan saja dan dimana saja, alias tidak ada keistimewaan dari segi waktu dan tempatnya, (2) berdoa di waktu yang mustajab, alias memanjatkan doanya di waktu-waktu tertentu yang memang oleh Alloh SWT telah diberitahukan kepada manusia sebagai waktu yang makbul untuk berdoa, (3) berdoa di tempat yang mustajab, alias berdoanya dilakukan di tempat-tempat yang oleh Alloh SWT telah diberitahukan kepada manusia sebagai tempat yang makbul untuk berdoa, dan (4) berdoa di tempat dan waktu yang mustajab, alias berdoanya dilakukan sekaligus di tempat yang oleh Alloh SWT diberitahukan sebagai tempat yang makbul untuk berdoa dan dilakukan pada waktu yang oleh Alloh SWT diberitahukan kepada manusia sebagai waktu yang makbul.

Berdoa pada Kondisi (1) memang tidak ada istimewanya, sehingga tidak akan dibahas lebih lanjut. Pada Kondisi (2) – berdoa di waktu yang mustajab, akan diuraikan terlebih-dahulu. Dalam kaitannya dengan waktu berdoa, paling tidak ada tiga waktu yang makbul untuk berdoa, antara lain: (a) pada waktu sepertiga malam yang akhir, (b) pada waktu sesudah sholat wajib, dan (c) pada waktu menunggu antara adzan dan qomat dalam sholat wajib berjama’ah di masjid. Itulah tiga waktu yang mustajab bagi manusia untuk berdoa dan insyaAlloh Alloh SWT akan mengabulkan doanya orang iman yang berdoa di waktu-waktu tersebut. Namun demikian, banyak orang yang tidak tahu atau tidak mau mengamalkannya.

Lokasi Hijir Ismail (bangunan melengkung yang dibatasi tembok setinggi dada) yang banyak diperebutkan oleh JCH ketika datang ke Masjidil Harram. Sholat sunnah di Hijir Ismail - kefadholannya sama dengan sholat sunnah di dalam Ka'bah (Baitulloh).

Kondisi (3) – berdoa di tempat-tempat mustajab, hanya bisa dilakukan oleh penduduk atau orang yang mendapat kesempatan berkunjung ke Mekkah dan Madinnah saja. Tidak ada tempat lain yang oleh Alloh SWT diberitahukan sebagai tempat yang mustajab untuk berdoa kecuali di Mekkah dan Madinnah. Oleh karena itu, sungguh kurang pas jika ada orang Islam yang datang ke tempat-tempat keramat dan beranggapan bahwa berdoa di tempat itu akan mustajab doanya.

Tempat mustajab untuk berdoa jika JCH ada di Madinnah adalah di Roudhoh – yang merupakan bagian dari Masjid Nabawi. Jika menginginkan, insyaAlloh JCH mendapat banyak kesempatan untuk mendatangi dan berdoa di Roudhoh karena umumnya JCH berada di Madinnah selama delapan (8) hari – sembilan (9) malam.

Hajar Aswad (Batu Hitam) lokasinya ada di salah satu pojok bangunan Ka'bah, yang digunakan sebagai awal melakukan Thowaf. Barangsiapa yang mencium (mengecup) atau mengusap Hajar Aswad maka Hajar Aswad akan menjadi saksi kelak di akherat nanti dan diyakini bahwa dosa-dosa orang yang mengecup/mengusapnya akan tersedot habis.

Ada beberapa tempat mustajab untuk berdoa jika JCH berada di sekitar Mekkah atau Masjidil Harom, antara lain: (a) di Multazam, (b) di belakang Maqom Ibrohim, (c) di bukit Shofa, (d) di bukit Marwah, (e) ketika Wukuf di Arofah, (f) ketika mabid di Muzdalifah, dan (g) sesudah melempar Jumroh ‘Ula dan Wustho di Mina. Tempat-tempat tersebut merupakan tempat-tempat yang mustajab untuk berdoa yang berada di sekitar Mekkah.

Kondisi (4) – berdoa di tempat-tempat dan sekaligus pada waktu yang mustajab, pastilah juga hanya bisa dilakukan oleh penduduk Mekkah dan Madinnah atau oleh JCH yang mendapatkan kesempatan untuk datang ke Mekkah dan Madinnah. Sebagai contoh: (a) berdoa di Multazam atau di belakang Maqom Ibrohim pada waktu sepertiga malam yang akhir, (b) berdoa di belakang Maqom Ibrohim pada waktu antara adzan dan qomat atau pada saat sesudah sholat wajib, dan sebagainya.

Kembali kepada pertanyaan kenapa JCH yang mempunyai permintaan segudang harus menjadi orang yang paling bahagia dan bersyukur? Hal itu karena bagi orang Indonesia, hanya JCH-lah yang oleh Alloh SWT diberi kesempatan untuk berdoa dalam Kondisi (3) dan Kondisi (4). Bagi warga Indonesia yang tidak sedang dalam rangka  menjalankan ibadah haji, maka yang paling bisa dilakukan adalah kondisi (2). Bagi mereka tidaklah mungkin untuk berdoa dalam kondisi (3) dan (4). Untuk itu, berbahagialah dan bersyukurlah bagi JCH yang telah diberi Alloh SWT kesempatan untuk mendatangi berbagai tempat yang mustajab, yang hanya ada di sekitar Mekkah dan Madinnah saja.

Selanjutnya, sebagai tanda syukur atas ni’mat yang telah Alloh SWT berikan, carilah kesempatan dan berdoalah meminta apapun kepada Alloh SWT sebanyak-banyaknya. Jangan sampai kesempatan yang sudah Alloh SWT berikan tersebut terlewat begitu saja, karena belum tentu Alloh SWT akan memberikan kesempatan untuk datang lagi ke Mekkah dan Madinnah di lain waktu. Moga-moga Alloh SWT paring manfaat dan barokah dan semoga informasi ini ada manfaatnya.

Next: Entry # 39 – Mekkah al-Mukarommah Day 19: Shodaqoh Makanan Satu Container.

Previous: Entry # 37 - MEKKAH AL-MUKAROMMAH – DAY 17: SHOLAT JUM’AT DI MASJIDIL HARRAM

(Mekkah al-Mukarommah, 8 November 2010)