Tags » Kimia Komputasi

restraint examples in AMBER

assalamua’alaikum warahmatullahi wabarakatuh..

kali ini kita akan mencoba melihat dua contoh penggunaan restraint di AMBER ? tapi sebelumnya mengenai restraint akan dibahas di tulisan berikutnya ;) 121 more words

Kimia Komputasi

amber tutorial part 2

assalamu’alaikum warahmatullahi wabarakatuh..

melanjutkankan pembahasan bagian pertama mengenai tutorial sederhana di AMBER. kali ini kita akan mencoba membuat kotak simulasi AMBER yang berisi protein dan air. 235 more words

Kimia Komputasi

amber tutorial part 1

Assalamu’alaikum warahmatullahi wabarakatuh…

Kali ini kita akan mencoba membuat tutorial singkat bagaimana preparasi input file untuk simulasi menggunakan AMBER. contoh yang kita gunakan diambil dari publikasi Christoph Messner (2015). 341 more words

Kimia Komputasi

Normal Coordinate in Gaussian

To get the normal coordinates of a given molecule a frequency calculation is needed. 351 more words

Kimia Komputasi

solving turbomole parallel problems

assalamu’alaikum warahmatullahi wabarkatuh..

gara-gara komputer mati semalam, tiba-tiba turbomole tidak mau lagi berjalan secara paralel. padahal semua settingan sudah benar tidak ada yang keliru. akhirnya nemu penyelesaian sederhana seperti ini : 79 more words

Kimia Komputasi

Calculate RESP Charge in antechamber

assalamu’alaikum warahmatullahi wabarakatuh..

kali ini kita akan membahas bagaimana menghitung muatan RESP menggunakan antechamber. langkahnya sangat sederhana yaitu : pertama-tama optimasi dulu menggunakan Gaussian kemudian outputnya dimasukkan ke dalam antechamber 94 more words

Kimia Komputasi