Tags » Kimia Komputasi

Integrasi termodinamik dan energi bebas solvasi bagian 2

oke, kita lanjutkan pembahasan yang tadi sempat tertunda

bagaimana caranya agar kita tetap bisa mendapatkan kecepatan yang benar ? caranya adalah kita perlu mengatur temperatur. karena kita tahu bahwa temperatur akan berkaitan dengan kecepatan sesuai dengan rumus energi kinetik secara statistik yaitu 3/2 N.Konstanta Boltzmann. 344 more words

Kimia Komputasi

Integrasi termodinamik dan energi bebas Gibbs solvasi bagian 1

assalamu’alaikum warahmatullahi wabarakatuh

kali ini kita akan membahas mengenai pekerjaan kedua yang saya kerjakan di Ibk, aslinya sih hampir sama dengan pekerjaan pertama yang gagal itu hehehe.. 518 more words

Kimia Komputasi

restraint examples in AMBER

assalamua’alaikum warahmatullahi wabarakatuh..

kali ini kita akan mencoba melihat dua contoh penggunaan restraint di AMBER ? tapi sebelumnya mengenai restraint akan dibahas di tulisan berikutnya ;) 121 more words

Kimia Komputasi

amber tutorial part 2

assalamu’alaikum warahmatullahi wabarakatuh..

melanjutkankan pembahasan bagian pertama mengenai tutorial sederhana di AMBER. kali ini kita akan mencoba membuat kotak simulasi AMBER yang berisi protein dan air. 235 more words

Kimia Komputasi

amber tutorial part 1

Assalamu’alaikum warahmatullahi wabarakatuh…

Kali ini kita akan mencoba membuat tutorial singkat bagaimana preparasi input file untuk simulasi menggunakan AMBER. contoh yang kita gunakan diambil dari publikasi Christoph Messner (2015). 341 more words

Kimia Komputasi

Normal Coordinate in Gaussian

To get the normal coordinates of a given molecule a frequency calculation is needed. 351 more words

Kimia Komputasi