Tags » Kimia Komputasi

tutorial program crystal bagian 7

assalamu’alaikum warahmatullahi wabarakatuh..

pagi ini jadi ingat fitur gaussian yang bisa melakukan scan energi dengan variasi jarak tertentu menggunakan keyword scan. hal ini sangat mudah, tinggal menuliskan koordinat dalam z-matrix, menuliskan scan dari jarak sekian ke sekian dengan interval tertentu dan kemudian gaussian akan menampilkan energi interaksi pada tiap interval jarak. 278 more words

Kimia Komputasi

tutorial program crystal bagian 6

assalamu’alaikum warahmatullahi wabarakatuh…

kali ini kita akan melanjutkan pembahasan mengenai program crystal. sekarang kita akan mencoba membahas bagaimana melakukan perhitungan pointcharge menggunakan crystal. konsep dari perhitungan ini adalah kita membagi sebuah padatan menjadi dua layer, kemudian pada salah satu layer semua atomnya diganti dengan pointcharge atau titik muatan. 219 more words

Kimia Komputasi

long range interaction

assalamu’alaikum warahmtullahi wabarakatuh….

setelah kemarin kita membahas tentang potensial untuk interaksi non coulombik, sekarang kita akan membahas interaksi jarak jauh yaitu interaksi yang masih terjadi pada jarak yang jauh contohnya adalah interaksi coulombik antar dua muatan. 470 more words

Kimia Komputasi

membuat kotak simulasi air menggunakan xleap

assalamu’alaikum warahmatullahi wabarakatuh..

kali ini kita akan membahas bagaimana membuat kotak simulasi yang berisi air dengan xleap. konsepnya adalah kita mensolvasi solute/air menggunakan kotak simulasi yang sudah ter-pre-ekuilibrasi dalam amber. 129 more words

Kimia Komputasi

tutorial program crystal bagian 5

assalamu’alaikum warahmatullahi wabarakatuh..

kali ini kita akan membahas visualisasi hasil dari program crystal menggunakan jmol. sebagai catatan versi jmol yang baru terkadang tidak dapat menampilkan hasil dari program crystal dengan baik, jadi sebaiknya kita mencoba beberapa versi jmol sehingga nanti ketemu versi jmol yang pas. 245 more words

Kimia Komputasi

tutorial program crystal bagian 4

assalamu’alaikum warahmatullahi wabarakatuh..

mari kita lanjutkan pembahasan tentang input file program crystal. nanti setelah pembahasan tentang input file selesai baru kita masuk ke dalam pembahasan visualisasi struktur dan manipulasi struktur agar bisa digunakan lebih lanjut. 323 more words

Kimia Komputasi

SHAKE dan RATTLE

assalamu’alaikum warahmatullahi wabarakatuh….

kali ini kita akan membahas dua algoritma yang sering digunakan dalam rigid body simulation atau dengan kata lain kita melakukan simulasi dengan membuat panjang ikatan dan sudut tetap selama simulasi. 447 more words

Kimia Komputasi