Tags » Kimia Komputasi

menghilangkan periodisitas di VMD

assalamu’alaikum warahmatullahi wabarakatuh..

ketika kita melakukan visualisasi trajektori simulasi dinamika molekular dengan VMD terkadang gambar yang muncul tidak karuan, hal ini disebabkan karena periodisitas trajektori simulasi. 56 more words

Kimia Komputasi

berendsen manostat

assalamu’alaikum warahmatullahi wabarakatuh….

kali ini kita akan membahas salah satu ensembel dalam simulasi dinamika molekular yaitu ensemble NPT, di mana N (jumlah molekul), P (tekanan) dan Temperatur dijaga tetap. 399 more words

Kimia Komputasi

termostat berendsen

assalamu’alaikum warahmatullahi wabarakatuh….

kali ini kita akan membahas aspek penting dalam simulasi yang menggunakan ensemble NVT, di mana  jumlah molekul, volume dan temperatur dibuat tetap. untuk mengatur agar temperatur tetep atau sesuai dengan target temperatur simulasi kita memerlukan yang namanya termostat. 251 more words

Kimia Komputasi

potensial interaksi non-coulombik

assalamu’alaikum warahmatullahi wabarakatuh…

hal kedua yang diajarkan thomas pada saya adalah tentang potensial. hal ini harusnya sudah saya pelajari sampai di luar kepala (sampai lupa rumusnya) hahaha 360 more words

Kimia Komputasi

install gromacs 5.0.2 and fftw 3.3.4

assalamu’alaikum warahmatullahi wabarakatuh..

kali ini kita akan mencoba menginstall gromacs 5.0.2 dengan fftw 3.3.4. pertama-tama download dulu fftw 3.3.4, kemudian dikompilasi seperti biasa dengan opsi –enable-shared –enable-float . 81 more words

Kimia Komputasi

visualisasi sphere kulit solvasi pertama VMD - END

assalamu’alaikum warahmatullahi wabarakatuh…

kali ini kita akan mencoba membuat sphere pada kulit solvasi pertama. hal ini terinspirasi dari beberapa publikasi punya teman hehe. untuk itu, kita memerlukan partikel X yang berada pada koordinat 0 0 0. 54 more words

Kimia Komputasi

visualisasi ikatan hidrogen VMD

assalamu’alaikum warahmatullahi wabarakatuh…

kali ini kita akan mencoba melakukan visualisasi ikatan hidrogen dalam air menggunakan VMD. Langkah yang kita gunakan sama dengan visualisasi sebelumnya, hanya saja drawing methodnya yang diganti menggunakan HBond. 42 more words

Kimia Komputasi