Tags » Kimia Komputasi

catatan instalasi amber15 - mpi

assalamu’alaikum warahmatullahi wabarakatuh

sedikit catatan ketika instalasi amber menggunakan pilihan MPI (./configure -mpi) karena tidak semua file binary akan dihasilkan. oleh karena itu, kita terpaksa dua kali kerja dengan konfigurasi ulang setelah kompilasi menggunakan pilihan MPI selesai agar program-program seperti cpptraj, ptraj, xleap dapat terkompilasi. 36 more words

Kimia Komputasi

antara aku kau dan dia part 55 teman yang baik

assalamu’alaikum warahmatullahi wabarakatuh..

Mendung memang membawa kangen, membuat ingat seseorang teman baik yang kini terpisah jauh di sana. kali ini kita akan bercerita tentang seorang teman yang baik, namanya adalah Saleh. 1,379 more words

Kimia Komputasi

Instalation and Running Parallel of GROMACS

assalamu’alaikum warahmatullahi wabarakatuh…

masih melanjutkan tulisan bagaimana menjalankan proses MPI pada beberapa nodes, kali ini kita akan mencoba melakukan tes sederhana dengan gromacs. 309 more words

Kimia Komputasi

preparasi kotak simulasi non protein untuk AMBER

assalamu’alaikum warahmatullahi wabarakatuh..

kelanjutan dari tulisan sebelumnya, kali ini kita akan mencoba membuat kotak simulasi non protein untuk simulasi menggunakan program AMBER. dalam kasus ini, kita akan mencoba melakukan preparasi kotak simulasi yang berisi kafein, asam metakrilat dan pelarut kloroform. 438 more words

Kimia Komputasi

preparasi non protein untuk AMBER

assalamu’alaikum warahmatullahi wabarakatuh..

kali ini kita akan melakukan preparasi input simulasi untuk program amber. senyawa yang akan kita gunakan adalah senyawa organik seperti kafein dan medan gaya yang kita gunakan adalah GAFF. 162 more words

Kimia Komputasi

tutorial program crystal bagian 7

assalamu’alaikum warahmatullahi wabarakatuh..

pagi ini jadi ingat fitur gaussian yang bisa melakukan scan energi dengan variasi jarak tertentu menggunakan keyword scan. hal ini sangat mudah, tinggal menuliskan koordinat dalam z-matrix, menuliskan scan dari jarak sekian ke sekian dengan interval tertentu dan kemudian gaussian akan menampilkan energi interaksi pada tiap interval jarak. 278 more words

Kimia Komputasi

tutorial program crystal bagian 6

assalamu’alaikum warahmatullahi wabarakatuh…

kali ini kita akan melanjutkan pembahasan mengenai program crystal. sekarang kita akan mencoba membahas bagaimana melakukan perhitungan pointcharge menggunakan crystal. konsep dari perhitungan ini adalah kita membagi sebuah padatan menjadi dua layer, kemudian pada salah satu layer semua atomnya diganti dengan pointcharge atau titik muatan. 219 more words

Kimia Komputasi