Tags » Kimia Komputasi

Normal Coordinate in Gaussian

To get the normal coordinates of a given molecule a frequency calculation is needed. 351 more words

Kimia Komputasi

solving turbomole parallel problems

assalamu’alaikum warahmatullahi wabarkatuh..

gara-gara komputer mati semalam, tiba-tiba turbomole tidak mau lagi berjalan secara paralel. padahal semua settingan sudah benar tidak ada yang keliru. akhirnya nemu penyelesaian sederhana seperti ini : 79 more words

Kimia Komputasi

Calculate RESP Charge in antechamber

assalamu’alaikum warahmatullahi wabarakatuh..

kali ini kita akan membahas bagaimana menghitung muatan RESP menggunakan antechamber. langkahnya sangat sederhana yaitu : pertama-tama optimasi dulu menggunakan Gaussian kemudian outputnya dimasukkan ke dalam antechamber 94 more words

Kimia Komputasi

radial distribution analysis PTRAJ

assalamu’alaikum warahmatullahi wabarakatuh…

lama sekali ndak nulis di sini ya. malam ini kita akan membahas sedikit mengenai analisis distribusi radial menggunakan ptraj. yah..selama beberapa minggu ini saya berkutat dengan program AMBER. 185 more words

Kimia Komputasi

catatan instalasi amber15 - mpi

assalamu’alaikum warahmatullahi wabarakatuh

sedikit catatan ketika instalasi amber menggunakan pilihan MPI (./configure -mpi) karena tidak semua file binary akan dihasilkan. oleh karena itu, kita terpaksa dua kali kerja dengan konfigurasi ulang setelah kompilasi menggunakan pilihan MPI selesai agar program-program seperti cpptraj, ptraj, xleap dapat terkompilasi. 36 more words

Kimia Komputasi

Instalation and Running Parallel of GROMACS

assalamu’alaikum warahmatullahi wabarakatuh…

masih melanjutkan tulisan bagaimana menjalankan proses MPI pada beberapa nodes, kali ini kita akan mencoba melakukan tes sederhana dengan gromacs. 309 more words

Kimia Komputasi