Tags » VMD

menghilangkan periodisitas di VMD

assalamu’alaikum warahmatullahi wabarakatuh..

ketika kita melakukan visualisasi trajektori simulasi dinamika molekular dengan VMD terkadang gambar yang muncul tidak karuan, hal ini disebabkan karena periodisitas trajektori simulasi. 56 more words

Kimia Komputasi

The Science Behind the Image Contest Winners: Influenza A Virus and Mammalian Plasma Membrane Models

We are starting off the week taking a look at the science and scientist behind the scenes of the influenza A virus model that won second place in the Society’s 2015 Image contest.  771 more words

BPS News

visualisasi sphere kulit solvasi pertama VMD - END

assalamu’alaikum warahmatullahi wabarakatuh…

kali ini kita akan mencoba membuat sphere pada kulit solvasi pertama. hal ini terinspirasi dari beberapa publikasi punya teman hehe. untuk itu, kita memerlukan partikel X yang berada pada koordinat 0 0 0. 54 more words

Kimia Komputasi

visualisasi ikatan hidrogen VMD

assalamu’alaikum warahmatullahi wabarakatuh…

kali ini kita akan mencoba melakukan visualisasi ikatan hidrogen dalam air menggunakan VMD. Langkah yang kita gunakan sama dengan visualisasi sebelumnya, hanya saja drawing methodnya yang diganti menggunakan HBond. 42 more words

Kimia Komputasi

Visualisasi pertukaran ligan dengan VMD

assalamu’alaikum warahmatullahi wabarakatuh…

Kali ini kita akan mencoba melakukan visualisasi reaksi pertukaran ligan menggunakan VMD. saya asumsikan kalian sudah punya file trajektori .xyz dari simulasi dinamika molekular. 124 more words

Kimia Komputasi

menggambar kotak simulasi di VMD

assalamu’alaikum warahmatullahi wabarakatuh..

kemarin lihat teman membuat kotak simulasi di VMD. Dia menggunakan file .gro buatan Gromacs. Untuk tipe file yang lain berikut adalah cara untuk menampilkan kotak simulasi di VMD. 46 more words

GNU/Linux